[发明专利]结核菌耐药性检测方法、装置、计算机设备和存储介质

权利要求书

1.一种结核菌耐药性检测方法，其特征在于，所述方法包括：

获取结核菌全基因组测序相关的文献信息；

从所述文献信息中提取表型耐药信息和全基因组测序数据序列号，并依据所述全基因组测序数据序列号下载全基因组测序数据；

对所述全基因组测序数据进行处理以提取固定突变；

基于所述固定突变的突变位点和对应的所述表型耐药信息以构建检测模型，以供检测结核菌耐药信息。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述文献信息是利用爬虫工具以及特定关键词，在学术平台对结核菌全基因组测序相关文献信息进行爬取并解析得到的。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述从所述文献信息中提取表型耐药信息和全基因组测序数据序列号，并依据所述全基因组测序数据序列号下载全基因组测序数据，包括：

通过挖掘技术从所述文献信息中提取所述结核菌的所述表型耐药信息和所述全基因组测序数据序列号；

依据所述全基因组测序数据序列号并利用爬虫工具爬取对应的下载链接，以下载含有所述表型耐药信息的全基因组测序数据。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述挖掘技术包括：数据挖掘、文本挖掘、自然语言处理中一或多种组合。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述对所述全基因组测序数据进行处理以提取固定突变，包括：

过滤所述全基因组测序数据中低质量序列；

选取结核菌一标准株的全基因组序列作为参考序列，将过滤后的所述全基因组测序数据比对到所述参考序列上；

鉴定结核菌的突变信息并通过基于预设参数的过滤处理以鉴定出固定突变的位点。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述基于所述固定突变的突变位点和对应的所述表型耐药信息以构建检测模型，包括：

基于所述固定突变的突变位点，利用最大似然法构建系统进化树；

通过正则匹配的方式，从所述进化树中提取出二叉树结构信息和遗传距离信息；

根据预设的测序深度对所述进化树进行剪枝，并基于所述结核菌相邻菌株的遗传距离去除离群菌株；

重复上述步骤，直至满足预设条件。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：

基于相邻所述菌株的所述表型耐药信息，对所述结核菌耐药检测结果进行判断；

若存在假阳性或者假阴性的概率，则对所述检测模型中对应每种药物的所述表型耐药信息进行修正，以消除耐药检测中由于人工误判导致的错误。

8.一种电子装置，其特征在于，所述装置包括：

获取模块，用于获取结核菌全基因组测序相关的文献信息；

处理模块，用于从所述文献信息中提取表型耐药信息和全基因组测序数据序列号，并依据所述全基因组测序数据序列号下载全基因组测序数据；对所述全基因组测序数据进行处理以提取固定突变；基于所述固定突变的突变位点和对应的所述表型耐药信息以构建检测模型，以供检测结核病患者耐药信息。

9.一种计算机设备，其特征在于，所述设备包括：存储器、及处理器；所述存储器用于存储计算机指令；所述处理器运行计算机指令实现如权利要求1至7中任意一项所述的方法。

10.一种计算机可读存储介质，其特征在于，存储有计算机指令，所述计算机指令被运行时执行如权利要求1至7中任一项所述的方法。