[发明专利]与大豆籽粒氨基酸含量相关的SNP标记及其应用

说明书

本发明公开了与大豆籽粒氨基酸含量相关的SNP标记及其应用。本发明首先公开了与大豆氨基酸含量相关的230个SNP标记及在全基因组选择上的应用。本发明进一步公开了与大豆精氨酸含量相关的SNP标记。本发明得到与大豆氨基酸含量相关的230个SNP标记在进行全基因组选择上的选择效率明显高于全基因组23,279 SNP标记，可促进大豆氨基酸的全基因组选择，有效加速育种进程，提高育种效率。另外，本发明发现了与精氨酸含量相关的SNP标记，有利于高精氨酸含量的大豆的选择，可进行分子标记辅助选择，对大豆育种具有重要的意义。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及与大豆籽粒氨基酸含量相关的SNP标记及其应用。

背景技术

大豆是人类优质植物蛋白和动物饲料蛋白的主要来源。据估计，全世界70％以上的蛋白来自大豆。蛋白的主要营养功能是提供足够数量的必需氨基酸。因此，氨基酸组成和平衡的遗传改良是大豆育种的重要目标。

大豆氨基酸的数量性状位点(Quantitative Trait Locus，QTL)定位已被报道。Pantalone等人基于N87-984-16×TN93-99杂交的F6世代含101个个体的衍生重组自交系(RIL)，鉴定了与大豆种子中16个氨基酸相关的32个简单重复序列标记(Simple SequenceRepeats，SSR)(Panthee，D.，Pantalone，V.，Saxton，A.，West，D.，and Sams，C.(2006)Genomic regions 539associated with amino acid composition in soybean.MolBreed 17：79-89.)。Khandaker等人分析MD96-5722“×Spencer”RIL群体，确定13个与氨基酸相关的QTLs(Khandaker，L.，Akond，M.，Liu，S.，Kantartzi，S.K，Meksem，K.，Bellaloui，N.，Lightfoot，D.A.，504 and Kassem，M.A.(2015)Mapping of QTL associated withseed amino acids content in 505“MD96-5722”by“Spencer”RIL population ofsoybeanusing SNP markers.Food and 506Nutrition Sciences 6：974.)。

单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism，SNP)在植物基因组水平广泛存在，可以通过高通量技术进行检测，因此这些标记被广泛用于遗传变异分析、基因连锁图谱构建、关联作图和数量性状QTL定位等方面。GBS技术(Genotyping-by-Sequencing)是通过测序进行基因分型，通过选取合适的限制性内切酶结合高通量群体测序来鉴定SNP分子标记。作为一种经济有效的技术，GBS已成功地应用于植物育种计划中的分子标记开发、基因组多样性研究、超高密度遗传图谱构建、遗传连锁分析、全基因组关联分析(GWAS)和全基因组选择(GS)等研究领域。

尽管随着基因分型成本的降低和统计方法的改进，GWAS和GS为作物品种复杂性状的遗传改良提供了新的途径。然而，迄今为止还没有关于大豆氨基酸分子标记辅助育种(MAS)方面的研究，也没有大豆氨基酸基于GWAS开展的GS的报道。

发明内容

本发明的目的在于提供与大豆籽粒氨基酸含量相关的SNP标记及其应用。

为了达到上述目的，本发明提供了与大豆氨基酸含量相关的SNP标记，如A1)-A230)任一所示：

A1)位于大豆第1号染色体第33262451位，所述SNP标记的多态性为C或T；

A2)位于大豆第1号染色体第45320366位，所述SNP标记的多态性为C或T；

A3)位于大豆第1号染色体第53597652位，所述SNP标记的多态性为A或G；