[发明专利]一种快速的批量化SNP/Indel引物设计的方法及系统

说明书

本发明公开了一种快速的批量化SNP/Indel引物设计的方法及系统，包括：对变异检测获得的VCF文件进行标记过滤；根据标记过滤后所得的变异位点在参考基因组中的位置信息，提取引物设计的任务序列，并基于提取的任务序列结合设定的引物设计参数，生成选定的引物设计软件输入所需格式的输入文件；使用选定的引物设计软件，根据输入文件进行引物设计；对选定的引物设计软件完成引物设计后的输出文件，按照预设格式要求进行格式整理，生成最终所需的结果文件。本发明可解决基于有参考基因组的变异检测分析所获得的大量SNP和Indel标记的引物设计问题，实现大批量引物设计的一键化，流程速度快，结果归纳明晰，大幅度提升了分析效率。

技术领域

本发明涉及引物设计技术领域，尤其涉及一种快速的批量化SNP/Indel引物设计的方法及系统。

背景技术

长期以来，动植物育种通常是基于表型性状进行选择。当表型性状较为简单时，表型选择是有效的。但对于一些表型难以准确鉴定的性状，仅基于表型性状进行选择是不准确的。因此，为了提供一套更有利于动植物育种的方法，各种DNA分子标记相继发展起来。与传统的分子标记相比，单核苷酸多态性(SNP)和小核苷酸片段插入或缺失(Indel)，因其具有分布广泛、多态性高、稳定性好、分析流程易自动化等特性，可应用于控制性状的功能基因的鉴定，有利于优良基因的进一步开发和利用，而被广泛应用于动植物群体遗传分析、分子辅助育种以及人类法医遗传学、医学诊断等领域。因此，关于SNP和INDEL的引物设计也是常规育种中必不可少的步骤。

目前，最经典、使用最广泛的引物设计软件是由加拿大的Premier公司开发的PrimerPremier，以及其他在线分析软件Primer-Blast，Primer3 Plus等。设计流程大都是需要获得任务序列，然后根据提供的任务序列以及选择好引物设计参数，从而获得引物设计结果。目前现有分析技术存在以下缺陷：

1.需要手动去获取任务序列；2.在获取任务序列的过程中容易引起位置信息误差；3.无法实现批量化设计引物需求；4.设计结果是碎片化的，做多个引物设计时费时费力。

发明内容

针对上述现有技术中存在的不足之处，本发明提供一种快速的批量化SNP/Indel引物设计的方法，拟解决基于有参考基因组的变异检测分析所获得的大量SNP和Indel标记的引物设计问题，实现大批量引物设计的一键化。

该快速的批量化SNP/Indel引物设计的方法包括：

对变异检测获得的VCF文件进行标记过滤；

根据标记过滤后所得的变异位点在参考基因组中的位置信息，提取引物设计的任务序列，并基于提取的任务序列结合设定的引物设计参数，生成选定的引物设计软件输入所需格式的输入文件；

使用所述选定的引物设计软件，根据所述输入文件进行引物设计；

对所述选定的引物设计软件完成引物设计后的输出文件，按照预设格式要求进行格式整理，生成最终所需的结果文件。

进一步地，所述对变异检测获得的VCF文件进行标记过滤，具体为：

将变异检测获得的VCF文件通过VCFtools软件的minDP参数进行标记过滤，筛选出符合预设质量要求的变异位点。

进一步地，所述根据标记过滤后所得的变异位点在参考基因组中的位置信息，提取引物设计的任务序列，并基于提取的任务序列结合设定的引物设计参数，生成选定的引物设计软件输入所需格式的输入文件，具体为：

基于筛选出的变异位点的染色体位置信息以及变异的碱基详情，提取到参考基因组中变异位点附近预设长度的序列作为引物设计的任务序列；

选择设定的引物设计参数，对提取出的任务序列的格式进行转化，生成选定的引物设计软件输入所需格式的输入文件。