[发明专利]肿瘤新抗原的预测方法及其应用

说明书

本发明公开了一种肿瘤新抗原的预测方法及其应用。其中，该预测方法包括以下步骤：S1，获取肿瘤患者的肿瘤样本和血浆白细胞样本，构建测序文库并且进行全基因组、全外显子组或靶向捕获RNA、DNA测序；S2，以血浆白细胞DNA作为对照，对肿瘤样本DNA进行比对及体细胞突变的检出，过滤出错义突变位点并对过滤出的错义突变位点进行注释；S3，采用血浆白细胞DNA测序数据对HLA‑I类及HLA‑II类等位基因进行分型；S4，预测可与HLA‑I类及HLA‑II类等位基因结合的抗原多肽。应用本发明的技术方案，可以更准确筛选出基因可表达的与HLA‑I类及HLA‑II类等位基因结合并引起抗肿瘤免疫反应的抗原。

技术领域

本发明涉及生物医学技术领域，具体而言，涉及一种肿瘤新抗原的预测方法及其应用。

背景技术

癌症免疫治疗在检查点阻断抑制临床应用中取得了巨大的成功。大规模的并行测序分析表明，肿瘤突变负荷与这类治疗反应间存在联系。为了提高对检查点阻断抑制治疗反应的预测，确定肿瘤疫苗和过继T细胞治疗的靶点，需要确定哪些肿瘤特异性突变多肽(新抗原)可以诱导抗肿瘤T细胞免疫。这些独特的抗原标记来自于大量的体细胞基因突变，只存在于肿瘤中，而不存在于正常细胞中。临床数据表明，这些突变序列表达的多肽蛋白在抗原呈递细胞表达的MHC分子中经过处理和表达后，可被免疫系统识别为非己而被消灭。Boon等人(Boon T,Cerottini J-C,Van den Eynde B,van der Bruggen P,Van PelA.Tumor antigens recognized by T lymphocytes.Annu Rev Immunol.1994；12(1):337–65)首次发现了癌症特异性多肽/MHC-I类复合物可被患者体内的CD8⁺T细胞识别。最近临床数据(Trajanoski Z,Maccalli C,Mennonna D,Casorati G,Parmiani G,DellabonaP.Somatically mutated tumor antigens in the quest for a more efficiouspatient-oriented immunotherapy of cancer.Cancer Immunol Immunother.2015；64(1):99-104)表明肿瘤突变产生的变异多肽经MHC分子处理后，可被免疫系统识别为非己，引起免疫反应。

虽然检查点阻断治疗在临床上取得了巨大的成功，但是患者特异性肿瘤疫苗仍然不能满足无治疗反应、产生耐药性或不能耐受检查点阻断药物相关副作用的患者的临床需要。新抗原通过选择性增加CD8+T细胞的频率，增强免疫系统的抗肿瘤活性，从而扩大免疫系统识别和摧毁癌细胞的能力。这一过程依赖于新抗原多肽结合HLA-I类及HLA-II类分子的亲和力及表达的能力，这是诱导免疫反应和激活CD8+T细胞的关键一步。

Benjamin Schubert等人(Schubert B,Brachvogel HP,Jürges C,KohlbacherO.EpiToolKit--a web-based workbench for vaccine design.Bioinformatics.2015；31(13):2211–2213.doi:10.1093/bioinformatics/btv116)开发了一系列免疫学方法，用于开发基于新抗原的疫苗，包括HLA配体或潜在的T细胞表位预测。

发明内容

本发明旨在提供一种肿瘤新抗原的预测方法及其应用，以提高肿瘤新抗原的预测的准确性。