[发明专利]预测新抗原负荷和检测基因组突变的基因panel

说明书

本发明涉及生物技术、DNA突变检测技术和生物信息学领域，尤其涉及一种预测新抗原负荷和检测基因组突变的基因panel。具体而言，本发明涉及一个组合了839个基因的基因panel，结合511个基因融合事件，本发明基因panel能够快速、高效、准确地对新抗原负荷进行预测，还可一次性检测多个位点的DNA突变，以便在癌症免疫治疗过程中根据患者的基因组特征选择最优的个体化治疗药物及方案，此外，本发明基因panel还可用于测量SNV、Indel、CNV、基因融合、MSI、TMB、HLA等多种类型的生物标志物。

技术领域

本发明涉及生物技术、DNA突变检测技术和生物信息学领域，尤其涉及一种预测新抗原负荷和检测基因组突变的基因panel。具体而言，本发明涉及一个组合了839个基因的基因panel，结合511个基因融合事件，用于预测新抗原负荷和检测癌症样本基因组突变。本发明基于DNA突变检测而对新抗原负荷进行定量，以预测个别患者对特定抗癌免疫治疗的反应，还可为癌症患者决定癌症阶段并选择由于基因组突变而定制的抗癌药物。

背景技术

癌症是导致人类死亡的主要原因之一，数据显示，目前全球癌症新发和死亡病例呈持续上升之势，新增病例有近一半出现在亚洲，其中大部分在中国。传统的癌症治疗方法主要包括手术、放疗和化疗，但随着医学科学的进步，免疫治疗、靶向治疗、介入治疗、射频治疗等新治疗方式不断涌现，为癌症患者提供了新的治疗选择。

近年来，癌症的免疫治疗作为一种全新的治疗模式，由于其能够对许多类型的癌症进行有效管控，因此已成为癌症治疗领域的一大研究热点。癌症免疫治疗是通过增强人体本身的免疫系统，清除体内的肿瘤细胞，具体包括过继细胞疗法、免疫检查点阻断剂、非特异性免疫激活剂与癌症疫苗四大类疗法。然而，由于癌症免疫治疗针对非常具体的细胞机制，因此有必要预先对癌症患者个体全面的分子概况(如基因组改变、肿瘤突变负荷或新抗原负荷等)进行准确充分的了解，其中，肿瘤突变负荷(TMB)是在免疫治疗选择里最广为人知的指标之一，不过其评估能力则主要来自TMB中嵌入的抗原负荷。

然而目前为止，在癌症免疫治疗领域，仍缺少针对新抗原负荷的快速、高效、准确的预测方法，而传统的针对少量基因突变的基因测试方法已无法满足多靶点高通量的检测需求。

发明内容

为了更加快速、高效、准确地对新抗原负荷进行预测，以便在癌症免疫治疗过程中根据患者的基因组特征选择最优的个体化治疗药物及方案。本发明提供了一种能够预测新抗原负荷和检测基因组突变的基因panel(基因检测组套)，该基因panel是针对839个基因的外离子区域和511个基因对基因DNA设计的，可一次性检测多个位点的DNA突变。此外，该panel还可用于测量SNV、Indel、CNV、基因融合、MSI、TMB、HLA等多种类型的生物标志物。

首先，本发明提供了一种预测新抗原负荷和检测基因组突变的基因panel，该基因panel上包含28,888个用于捕获靶向DNA的靶向DNA探针和511个用于捕获基因与基因DNA融合的融合DNA探针；