[发明专利]一种与猪乳头数相关的SNP位点及其检测方法和应用

说明书

本发明涉及一种与猪乳头数相关的SNP位点及其检测方法和应用，所述SNP位点位于基因组版本Ensembl Sscrofa 11.1的chr7:97570528，该位点的等位基因为A和G。本发明利用Tn5转座酶建库，对3616头具有重要经济性能记录的杜洛克猪核心群体进行低深度测序，通过填充获得高质量的全基因组重测序数据。通过与猪乳头数性状的GWAS分析，检测到七个显著影响猪乳头数的SNP位点，包括一个新发现的影响最为显著的SNP位点SSC7:97570528。这些SNP位点可作为分子标记应用于猪乳头数优势群体的选育。

技术领域

本发明涉及分子遗传学领域，尤其涉及一种与猪乳头数相关的SNP位点及其检测方法和应用，具体为一个新发现的猪乳头数相关的错义突变及其应用。

背景技术

我国是最大的生猪生产国和消费国，猪肉产量和质量的市场需求日益增加，提高猪肉产量、改善猪肉胴体质量，成为育种科学家长期以来不断探索的工作。早期的育种工作主要集中于猪的表型选择，随着基因组工作的不断推进和遗传标记的广泛开发，分子选择正逐渐成为可靠而有效的选择方法。

单核苷酸多态性(single nucleotide ploymophism，SNP)标记是第三代分子标记，是指在基因组DNA序列上有单个碱基的突变而产生的一种多态性，这种突变包括单碱基的颠换、转换、插入和缺失。SNP具有量大、高频率、低突变率等有点，广泛应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究、畜牧育种标记及全球种族遗传学等研究。分子标记辅助选择育种，是在分子水平上对目标性状进行选择，可不受环境影响，通过遗传背景选择，减少连锁累赘，从而加速育种过程及精确度。

全基因组关联分析(Genome-wide association studies，GWAS)是畜禽经济性状遗传改良和机制解析的重要方法。随着二代测序技术的发展，全基因组重测序和简化基因组测序技术成为高通量SNP分型的有力工具。但简化基因组由于标记密度有限，限制了其在精细定位中的应用。全基因组关联分析涉及基因组上全部变异，但成本较高，无法实现大样本量测序。

目前最常用的两步法测序，即将小样本量进行高深度重测序(10×)，获得高质量的SNP合集，然后对大样本量进行低深度测序，通过连锁不平衡定律，即可推断那些没有被测序完全覆盖区域的基因型情况。通过填充获得的全基因组重测序数据，与重要性状进行GWAS，获得与性状显著关联的SNP。低深度重测序的方法大大降低了成本，并且由于填充后获得的标记密度大，相比简化基因组，在精细定位中具有很大的优势。目前，低深度重测的方法在水稻(Huang et al.，2010)、小鼠(Nicod et al.，2016)和人(Rustagi et al.，2017；Liu et al.,2018)中均有应用。

猪乳头数性状与猪泌乳力、产仔数等繁殖性能相关，因此，研究猪的乳头数，在育种中具有重要的研究意义。

发明内容

本发明提供一种与猪乳头数相关的SNP位点及其检测方法和应用，用于解决现有技术存在的问题。

本发明的第一个目的在于提供与猪乳头数相关的SNP位点，所述SNP位点位于基因组版本Ensembl Sscrofa 11.1的chr7:97570528，该位点的等位基因为A和G。

进一步地，在所述SNP位点的等位基因为A的猪乳头数高于等位基因为G的猪。

进一步地，所述SNP位点位于SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列中第101位碱基。

本发明的第二个目的在于提供一种猪乳头数相关SNP位点的检测方法，包括：

(1)利用Th5转座酶对样品猪建立基因文库，并进行全基因组重测序；

(2)对步骤(1)全基因组重测序结果使用Basevar进行基因分型，STITCH进行填充获SNP位点基因数据；