[发明专利]乳腺癌预后评估模型及其建立方法

说明书

本发明提供了一种乳腺癌预后评估模型及其建立方法。本申请通过选择中国人群作为研究对象，采用转录组测序(RNA‑seq)的方法进行了差异表达基因的筛选，筛选出了与复发密切相关的基因，进而得到适用于中国人群的乳腺癌复发风险的预测模型。模型包括表1所示的190个在复发组和非复发组中差异表达的基因。该模型能够为中国人群早期乳腺癌患者提供更加精准的个体化治疗效果预测和10年复发风险预测，使得高风险人群不会由于术后辅助化疗不足而很快出现疾病进展，低风险人群也不会由于过度治疗导致身体承受不必要的化疗毒副作用。

技术领域

本发明涉及高通量测序技术领域，具体而言，涉及一种乳腺癌预后评估模型及其建立方法。

背景技术

对于激素受体阳性、Her2及淋巴结阴性的早期乳腺癌患者，在手术切除肿瘤组织后是否需要给予化疗以降低术后肿瘤复发转移的几率一直是临床医生面临的一大难题。化疗不足会导致患者术后肿瘤复发转移风险增加，化疗过度又会使病人承受不必要的化疗之苦，并造成不必要的医疗资源及社会财富的浪费，增加社会及患者的经济损失及负担。

乳腺癌是一种异质性疾病，免疫组化、分子特征、病理分型及基因表达不同，预后往往不同。有些病理类型和临床分期相同的患者，预后也不相同。研究表明基因的异质性和多样性是患者病理类型和临床分期相同、但预后不同的主要原因。基因分型能反映不同乳腺癌患者具有的不同临床表现和预后，为进一步的治疗提供了理论支持。因此以肿瘤组织基因表达差异为基础的乳腺癌基因分型的提出对于解决肿瘤的异质性、分期的合理性、预后判断的准确性及早期患者术后化疗的必要性等将提供重要依据。目前国际上已有一些比较成熟的基于乳腺癌组织基因表达差异进行早期患者化疗受益评价和预后评估的方法，最权威且应用最广的包括Oncotype DX乳腺癌21基因检测及MammaPrint 70基因检测。

Oncotype DX乳腺癌21基因检测是美国Genomic Health公司于2005年推向美国市场的精准医疗检测产品。该产品利用美国乳腺与肠道外科辅助治疗研究组(NSABP)B-14实验研究中的患者组织蜡块标本，应用RT-PCR技术从用4％甲醛固定和石蜡包埋的肿瘤中提取出RNA并即时进行逆转录聚合酶链反应，选出的21个经他莫昔芬治疗后的淋巴结阴性、ER阳性乳腺癌患者远期复发相关的基因。这21个基因包括16个肿瘤相关功能基因及5个内参基因。其中肿瘤相关功能基因包括：增殖相关基因(Ki-67、STK15、Survivin、CyclinB1、MYBL2)；侵袭相关基因(Stromelysin3、Cathepsin L2)；Her-2相关基因(GRB7、Her-2)；激素相关基因(ER、PR、Bcl-2、SCUBE2)；GSTM1；BAG1；CD68。而5个参考基因则为Beta-actin、GAPDH、RPLPO、GUS、TFRC。利用RT-qPCR技术，通过检测16个肿瘤相关基因(增值、侵袭、HER2和激素等相关基因)和5个参考基因的表达情况，将检测结果量化为复发评分(RecurrenceScore，RS)(具体如下)，从而预测10年内远期复发风险和化疗获益。RS从0到100，分数越高，复发的可能性越大，也越能从化疗中获益。

1.内参组：ACTB、GAPDH，、GUS、RPLPO和TFRC

2.HER2组＝0.9×GRB7+0.1×HER2

备注：如果这个组的值＜8，那么该值为8

3.ER组＝(0.8×ER+1.2×PGR+BCL2+SCUBE2)/4

4.增殖组＝(Survivin+Ki67+STK15+CCNB1+MYBL2)/5

备注：如果这个值＜6.5，那么这个值为6.5

5.侵袭组＝(MMP11+CTSL2)/2

6.RSU＝0.47×HER2组-0.34×ER组+1.04×增殖组+0.1×侵袭组

+0.05×CD68-0.08×GSTM1-0.07×BAG1