[发明专利]一种用于检测猪背膘厚的SNP标记及其应用

说明书

本发明公开了一种用于检测猪背膘厚的SNP标记及其应用，其中，所述SNP标记位于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体上第311973532处，具有C/T多态性，该SNP位点的基因型为CC型的猪，相较于基因型为TC或TT的猪有更低的校正背膘厚，即具有更高的瘦肉率和更快的生长速度。本发明提供的用于检测猪背膘厚的SNP标记，可通过检测该SNP标记的不同基因型来进行猪背膘厚性状的遗传改良，缩短了育种周期，降低了育种成本。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及用于检测猪背膘厚的SNP标记及其应用。

背景技术

养猪业是畜牧业的重中之重，关系到国计民生。近三十年来，我国一直致力于中国瘦肉型猪新品系的选育，育种目标主要集中在背膘性状的改良上。猪的背膘厚和瘦肉率是生猪养殖和育种过程中最主要的经济性状，该性状的高低直接影响整个养猪产业的经济效益和种群的育种价值。其中，猪的校正背膘厚是一种遗传力较高的性状，可以直接反映胴体品质和瘦肉率高低。背膘厚越低，瘦肉率越高，生长速度越快。背膘厚还可反映母猪的营养水平和繁殖性能。在同一猪群中，背膘厚越低的个体一般具有更高的瘦肉率和更快的生长速度。

因此，加深对背膘厚度性状的研究和相关候选基因鉴定，不仅有助于了解背膘厚性状形成分子机制，而且对进一步进行基因组育种具有重大意义。

全基因组关联分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)，是指在数百或数千个个体的大群体中，对全基因组范围内的单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphism，SNP)进行基因分型，进而将基因型与可观测的性状进行群体水平的统计学分析，基于得到的统计量和p值，筛选出最有可能影响该性状的SNPs标记。其中，SNP标记是第三代分子标记，是指在基因组DNA序列上由单个碱基的突变而产生的一种多态性，这种突变包括单碱基的颠换、转换、插入和缺失。

目前，仍然缺少功能明确、效应显著且可直接用于育种的与猪背膘厚相关的SNP标记。

因此，有必要提供一种用于检测猪背膘厚的SNP标记及其应用，以提高猪育种进程和猪产业化利润。

发明内容

为了克服上述问题，本发明人进行了锐意研究，获得了与猪校正背膘厚相关的SNP标记，丰富了影响猪生产性状的SNP位点，所述SNP标记位于猪1号染色体上第311973532bp处，与OR10AG1基因紧密连锁，且与猪校正背膘厚显著相关，通过检测该SNP标记的不同基因型可以进行猪背膘厚性状的遗传改良，缩短了育种周期，提高了育种效率和育种精度，从而完成了本发明。

具体来说，本发明的目的在于提供以下方面：

第一方面，提供一种用于检测猪背膘厚的SNP标记，其中，所述SNP标记位于国际猪参考基因组10.2版本参考序列1号染色体上第311973532处。

第二方面，提供一种用于鉴定第一方面所述SNP标记的引物对，其中，所述引物对为P4和P5，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5所示。

第三方面，提供一种第二方面所述的引物对在鉴定猪背膘厚或在猪遗传育种方面的应用。

第四方面，提供一种第一方面所述的SNP标记的获取方法，其中，所述方法包括以下步骤：

步骤1，获取猪的表型性状数据；

步骤2，获取猪的基因组DNA；

步骤3，对猪全基因组内的SNP进行基因型检测；

步骤4，将基因型数据与猪的表型性状数据进行关联分析。

第五方面，提供一种鉴定或辅助鉴定猪背膘厚的方法，其中，所述方法包括以下步骤：

步骤a，获取待测猪的基因组DNA；