[发明专利]用于传送并且预处理测序数据的系统和方法

权利要求书

1.一种传递多个组学序列的方法，所述方法包括：

提供对第一计算机的访问，第一计算机与第二计算机耦接；

通过第一计算机从多个相应测序装置接收多个组学输出文件，其中，组学输出文件中的每个包括序列数据和机器专用注释；

其中，组学输出文件是基因组输出文件、RNA-组学输出文件、或蛋白质组输出文件；

通过第一计算机使用从用户输入的注释来注释所述多个组学输出文件，从而形成带注释的组学输出文件；

通过第一计算机将所述带注释的组学输出文件分组成传输组，其中，基于所述机器专用注释和从用户输入的所述注释进行分组；以及

通过第一计算机将所述传输组传递到第二计算机。

2.根据权利要求1所述的方法，还包括如下步骤：通过第一计算机或第二计算机分别向第二计算机或第一计算机发送反馈信号，以修改第一计算机、第二计算机和测序装置中的至少一个的操作。

3.根据权利要求1所述的方法，其中，操作包括将所述多个组学输出文件从原始格式转换成SAM格式或BAM格式。

4.根据权利要求1所述的方法，其中，操作包括在通过第一计算机接收所述多个组学输出文件的步骤之前将所述多个组学输出文件暂时存储在存储器中。

5.根据权利要求1所述的方法，其中，操作包括改变操作参数或使测序装置离线。

6.根据权利要求1所述的方法，其中，操作包括传递额外的组学数据。

7.根据权利要求1所述的方法，其中，操作包括停止从第一计算机传递所述传输组。

8.根据权利要求1所述的方法，其中，操作包括在测序装置中重复特定的组学分析。

9.根据权利要求1所述的方法，其中，操作包括从第二计算机发送指示特定数据的存在或不存在的信号。

10.根据权利要求1所述的方法，其中，所述多个测序装置中的至少一个从第一计算机或第二计算机接收另一反馈信号。

11.根据权利要求1所述的方法，其中，所述多个测序装置中的至少一个从第一计算机和第二计算机接收另一反馈信号。

12.根据权利要求1所述的方法，其中，所述机器专用注释包括选自由日期和/或时间标识符、测序装置标识符、通道标识符、质量分数和配对成员标识符组成的组的注释。

13.根据权利要求1所述的方法，其中，从用户输入的注释包括选自由分析类型注释和患者专用注释组成的组的注释。

14.根据权利要求11所述的方法，其中，所述分析类型注释选自由整体基因组分析、外显子组富集分析、转录组分析和蛋白质组分析组成的组。

15.根据权利要求1所述的方法，其中，实时执行分组的步骤。

16.根据权利要求1所述的方法，其中，在完成形成所述传输组时，执行传递所述传输组的步骤。

17.根据权利要求1所述的方法，其中，分组的步骤独立于实际序列内容执行。