[发明专利]一种与鸡粉壳蛋蛋壳颜色深浅相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与鸡粉壳蛋蛋壳颜色深浅相关的SNP分子标记，属于分子标记技术领域。所述SNP分子标记的SNP位点位于国际鸡参考基因组GRCg6a Primary Assembly版本第20号染色体第10544301位，即基因PCIF1的5561个碱基位置，且该处碱基是C或T。本发明还提供了用于检测上述SNP标记的引物组合及其应用。利用该SNP分子标记和引物组合，可建立鸡粉壳蛋蛋壳颜色高效准确的分子标记辅助育种技术，从而有效地改善粉壳蛋蛋壳颜色选育方法，促进地方蛋鸡产业的发展。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一种与鸡粉壳蛋蛋壳颜色深浅相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

蛋壳颜色与蛋鸡生产性能、蛋品质的相关性均不大，然而蛋壳颜色是影响消费者选择的重要因素。受我国人民消费习惯的影响，粉壳蛋一直深受市场青睐，粉壳蛋的售价高于其他蛋壳颜色的鸡蛋，可以为养殖者带来较高的经济效益。因此，我国地方鸡蛋壳颜色上的选育也多倾向于向粉壳蛋选育。

在生产中，蛋壳颜色多在继代选育过程中通过育种人员的主观判断选择，采用先留后选的原则，遗传进展缓慢、世代间隔长、成本较高，且不同育种人员选择标准不一致，因此，对选育准确性的影响较大。随着分子生物学技术的发展，分子标记辅助选择方法(marker assisted selection，MAS)被越来越多地应用于育种环节。诸多研究表明，蛋壳颜色是一个中高遗传力性状，如果进行稳定选择则会获得良好进展。利用分子标记技术将会对该性状进行准确选择，然而目前缺少相关的分子标记。

发明内容

为了解决上述技术问题，发明人进行了大量研究，意外地发现国际鸡参考基因组GRCg6a Primary Assembly版本第20号染色体上物理位置第10544301核苷酸处的CT突变与鸡粉壳蛋颜色深浅相关，从而完成本发明。

本发明第一方面提供一种与鸡粉壳蛋蛋壳颜色深浅相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的SNP位点位于国际鸡参考基因组GRCg6a Primary Assembly版本第20号染色体第10544301位，且该处碱基是C或T。

本发明第二方面提供一种与鸡粉壳蛋蛋壳颜色深浅相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的SNP位点位于鸡PCIF1基因第5561位，且该处碱基是C或T。

本发明第三方面提供一种与鸡粉壳蛋蛋壳颜色深浅相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，且其第202位碱基是C或T。

本发明第四方面提供检测本发明第一方面、第二方面或第三方面所述的SNP分子标记的试剂在制备用于鉴定鸡粉壳蛋蛋壳颜色深浅的试剂盒中的应用。

在本发明的一些实施方案中，所述试剂为能够扩增所述分子标记的引物组合。

在本发明的一些实施方案中，所述引物组合包括具有SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的上游引物和具有SEQ ID NO.2所示核苷酸序列的下游引物组成。

本发明的第五方面提供一种用于鉴定鸡粉壳蛋蛋壳颜色深浅的试剂盒，包括能够检测本发明第一方面、第二方面或第三方面所述的SNP分子标记的试剂。

在本发明的一些实施方案中，所述试剂为能够扩增所述分子标记的引物组合。

在本发明的一些实施方案中，所述引物组合由具有SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的上游引物和具有SEQ ID NO.2所示核苷酸序列的下游引物组成。

本发明的第六方面提供一种选育能够产生蛋壳颜色更浅粉壳蛋的鸡种或品系的方法，包括以下步骤：

(1)获取待测鸡种或品系每个个体的基因组DNA；