[发明专利]一组肝癌预后标志物及其应用

说明书

本发明公开了一组用于预测肝癌患者预后及肝癌靶向治疗的基因集，由于现有技术缺乏足够的生物标志物以便对肝癌患者的预后做出预测，尤其是对于肝癌晚期的患者，传统的治疗方法如肝移植、外科肝切除术、早期射频治疗等受到了限制，因此，新型生物标志物的探索对于肝癌的治疗靶点至关重要，本发明进一步通过COX生存分析筛选出了G2M检查点基因集中与肝癌预后相关的基因，并通过多因素COX生存分析构建了影响肝癌患者预后的模型，K‑M plot曲线、ROC曲线及患者的生存时间和生存状态都验证了模型的准确性和特异性，因此，该预测模型对于肝癌的患者的预后及靶向治疗具有重要的意义。

发明领域

本发明属于生物医药领域，涉及一种肝癌预后标志物及其应用，具体涉及一组新的细胞周期G2M检查点相关的mRNA，该基因集可作为肝癌预后标志物。

背景技术

肝癌是世界上最致命的癌症之一。根据2003年至2018年的统计数据，所有癌症中肝癌死亡率急剧上升。肝癌的治疗效果在很大程度上取决于从诊断到治疗的时间间隔，特别是对于早期肝癌患者。尽管肝移植、外科肝切除术、早期射频治疗等治疗方法有所改进，然而，大约70％以上的肝癌患者在晚期被诊断，这限制了传统疗法的应用。

基因组不稳定性是癌症的一个重要标志，有助于癌症的发展。最近的流行病学研究报告，三分之二的癌症是由DNA复制错误引起的。G2/M检验点是阻止带有DNA损伤的细胞进入有丝分裂期的最后一道关卡，因此，对于基因组的稳定性和癌症的发生发展起着至关重要的作用。但是，目前缺乏关于肝癌的G2/M检查点相关基因的系统研究。

鉴于现有技术缺乏足够的生物标志物以便对肝癌患者的预后做出预测，尤其是对于肝癌晚期的患者，传统的治疗方法如肝移植、外科肝切除术、早期射频治疗等收到了限制。本发明提供了4种mRNA作为肝癌预后标志物并建立了预测肝癌患者预后的模型。最后，通过K-M plot曲线，ROC曲线及患者的生存时间和生存状态验证了模型的准确性和特异性。为了延长肝癌患者的生存期，可以通过靶向模型中的基因，调控基因的表达量来干预肝癌患者的预后。

发明内容

为延长肝癌患者的生存期，通过靶向模型中的基因，调控基因的表达量来干预肝癌患者的预后，该发明为肝癌患者的预后分析及肝癌的靶向治疗提供了依据。

为了实现上述目的，本发明首先提供一种用于预测肝癌患者预后及肝癌靶向治疗的基因集，该基因集是由AMD1，KPNA2，SFPQ和UCK2组成，肝癌患者的预后情况是由该基因集中的基因表达量与对应系数的乘积之和构成的Risk score来表征：

Risk score＝0.325*AMD1+0.2129*KPNA2+0.6572*SFPQ+0.3166*UCK2；

所述的AMD1，KPNA2，SFPQ和UCK2分别表达各基因在肝癌患者中的表达量。

其次，本发明提供基因集AMD1，KPNA2，SFPQ和UCK2作为肝癌预后标志物的确立方法，具体包括如下步骤：

(1)从TCGA数据库获得数据：下载肝癌患者的临床数据及肝癌组织和癌旁正常组织的RNA-Seq转录组数据，TCGA数据库中，373例肝癌组织和50例癌旁正常组织进行了RNA-Seq，其中，共获得了369例肝癌患者同时具有的临床数据和RNA-Seq数据；

(2)利用GSEA功能富集分析：以|NES|1并且NOM p-val0.05为标准，筛选出肝癌组织和癌旁正常组织的RNA-Seq转录组数据中存在差异表达的基因集，NES代表归一化后的富集分析评分,NOM p-val代表校正后的p value，表征富集结果的可信度，其中，G2M检查点基因集|NES|＝2.02NOM p-val＝0.005，是在肝癌组织和癌旁正常组织差异较大的基因集，并对其进行进一步的分析；

(3)利用单因素COX生存分析：以P value0.05为标准筛选出G2M检查点基因集中影响肝癌患者预后的基因；