[发明专利]一种与鸡绿壳蛋蛋壳颜色深浅相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与鸡绿壳蛋蛋壳颜色深浅相关的SNP分子标记，属于分子标记技术领域。所述SNP分子标记的SNP位点位于国际鸡参考基因组GRCg6a Primary Assembly版本第1号染色体第64135653位，即基因PIK3C2G第238898个碱基位置，且该处碱基是C或G。本发明还提供了用于检测上述SNP标记的引物组合及其应用。利用该SNP分子标记和引物组合，可建立鸡绿壳蛋蛋壳颜色高效准确的分子标记辅助育种技术，从而有效地改善鸡绿壳蛋蛋壳颜色选育方法，促进地方特色蛋鸡产业的发展。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一种与鸡绿壳蛋蛋壳颜色深浅相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

我国地方鸡遗传资源丰富，产绿壳蛋的鸡包括东乡绿壳蛋鸡、长顺绿壳蛋鸡等，绿壳蛋的颜色是一个质量性状，受基因SLCO1B3上游一段EAV-HP序列插入的影响，为显性基因，当基因型为OO或Oo时蛋壳颜色为绿色，生产中常通过基因检测纯合型的基因选育纯种绿壳。

随着人们生活水平的提高，地方特色蛋鸡的市场份额越来越多，绿壳蛋鸡作为我国地方特色蛋鸡发展越来越好。绿壳蛋的售价较高，可以为养殖者带来较高的经济效益。在育种过程中受消费导向的影响，绿壳蛋的选育倾向于深绿色。然而目前对绿壳蛋蛋壳颜色的深浅尚无有效选育方法，仍旧多采用人工选育，在继代选育过程中通过育种人员的主观判断选择，采用先留后选的原则，遗传进展缓慢、世代间隔长、成本较高，不同育种人员的选择标准不一致，从而影响选育的准确性。随着分子生物学技术的发展，分子标记辅助选择方法(marker assisted selection,MAS)被越来越多地应用于育种环节中加快了遗传进展。诸多研究表明，蛋壳颜色是一个中高遗传力性状，如果进行稳定选择则会获得良好进展。利用分子标记技术将会对该性状进行准确选择，从而改善绿壳蛋鸡蛋壳颜色的选育方法，加快选育进程，促进我国特色地方蛋鸡的发展。

发明内容

为了解决目前绿壳蛋性状选育过程中存在的问题，发明人进行了大量研究，意外地发现国际鸡参考基因组GRCg6a Primary Assembly版本第1号染色体上物理位置第64135653核苷酸处的CG突变与鸡绿壳蛋蛋壳颜色深浅相关，从而完成本发明。

本发明第一方面提供一种与鸡绿壳蛋蛋壳颜色深浅相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的SNP位点位于国际鸡参考基因组GRCg6a Primary Assembly版本第1号染色体第64135653位，且该处碱基是C或G。

本发明第二方面提供一种与鸡绿壳蛋蛋壳颜色深浅相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的SNP位点位于鸡PIK3C2G基因第238898位，且该处碱基是C或G。

本发明第三方面提供一种与鸡绿壳蛋蛋壳颜色深浅相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，且其第140位碱基是C或G。

本发明第四方面提供检测本发明第一方面、第二方面或第三方面所述的SNP分子标记的试剂在制备用于鉴定鸡绿壳蛋蛋壳颜色深浅的试剂盒中的应用。

在本发明的一些实施方案中，所述试剂为能够扩增所述分子标记的引物组合。

在本发明的一些实施方案中，所述引物组合由具有SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的上游引物和具有SEQ ID NO.2所示核苷酸序列的下游引物组成。

本发明的第五方面提供一种用于鉴定鸡绿壳蛋蛋壳颜色深浅的试剂盒，包括能够检测本发明第一方面、第二方面或第三方面所述的SNP分子标记的试剂。

在本发明的一些实施方案中，所述试剂为能够扩增所述分子标记的引物组合。

在本发明的一些实施方案中，所述引物组合由具有SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的上游引物和具有SEQ ID NO.2所示核苷酸序列的下游引物组成。