[发明专利]与大体重鸡只高度关联的肠道微生物标记物

权利要求书

1.一种肠道微生物作为与大体重鸡只高度关联的肠道微生物标记物的应用，其特征在于，所述肠道微生物为Barnesiella viscericola菌种；

Barnesiella viscericola菌种的具体分类学特征为：Bacteria;FCB group;Bacteroidetes/ Chlorobi group;Bacteroidetes;Bacteroidia;Bacteroidales;Barnesiellaceae; Barnesiella;Barnesiella viscericola，Barnesiella viscericola菌种含有的DNA序列如SEQ ID NO.1所示；

其中，大体重公鸡的质量为1976±193g之间；大体重母鸡的质量为1598±166g之间；小体重公鸡的质量为174±46g之间；小体重母鸡的质量为128±37g之间。

2.一种肠道微生物作为与大体重鸡只高度关联的肠道微生物标记物的应用，其特征在于，所述肠道微生物标记物为Bacteroides sp. AF14-46 菌种，Bacteroides sp. AF14-46菌种的具体分类学特征为：Bacteria;FCB group;Bacteroidetes;Bacteroidia;Bacteroidales; Barnesiellaceae; Barnesiella;Barnesiella viscericola，Bacteroides sp. AF14-46 菌种含有的DNA序列如SEQ ID NO.2所示；

其中，大体重公鸡的质量为1976±193g；大体重母鸡的质量为1598±166g；小体重公鸡的质量为174±46g；小体重母鸡的质量为128±37g。

3.根据权利要求1或2所述一种肠道微生物作为与大体重鸡只高度关联的肠道微生物标记物的应用，其特征在于，所述肠道微生物的筛选方法包括以下步骤：

1）以白洛克鸡为共同祖先，以 56 日龄的体重高低为目标进行长期人工差异选择，保证体重这一饲养条件以及饲养环境都保持一致，以获得单一性状差异，在选择了 56 个世代后，获得的大体重家系鸡只的体重平均是小体重家系体重的十倍之多；

2）收集两种家系鸡肠道微生物样品，用试剂盒提取肠道中微生物DNA，得到肠道微生物基因组DNA；

3) 构建DNA文库后进行宏基因组测序；

4) 分析鉴定小体重家系鸡只与大体重家系鸡只的肠道微生物物种及各物种丰度；

过滤原始序列中低质量序列，随后将序列与NCBI NR数据库中菌群序列进行比对，得到每个样品中各肠道微生物的物种的序列与丰度；

5)肠道微生物筛选

按照步骤2)-4)所述的方法测得大体重重家系鸡只及小体重家系鸡只体内肠道微生物种丰度，通过比较，得到大体重家系鸡只中显著差异的高丰度肠道细菌Barnesiellaviscericola菌和Bacteroides属中的Bacteroides sp. AF14-46 菌；

其中，过滤原始序列中低质量序列是指从 reads 的 5' 端开始，进行4个碱基的滑窗质量检测，切除碱基质量平均值低于2的滑窗；切除首末端碱基质量小于2的碱基；过滤碱基数小于25的碱基；

Barnesiella viscericola菌的P值= 0.00014，Bacteroides sp. AF14-46菌的P值=0.00037；

步骤5)所述比较的方法是：

不同分类水平的微生物在不同分组之间的丰度差异，用STAMP软件计算两组间丰度差异，检验结果中如一种微生物的矫正P值0.01，则该微生物被判别为在两组中的分布有显著性差异，最后筛选出在大体重鸡只中高丰度的且差异最为显著的两种细菌作为标记物。

4.根据权利要求3所述一种肠道微生物作为与大体重鸡只高度关联的肠道微生物标记物的应用，其特征在于，用STAMP软件计算两组间丰度差异时，对数据进行标准化，采用的方法是将绝对丰度换算为相对丰度再进行差异分析。