[发明专利]肉用西门塔尔牛6号染色体上与骨重相关的SNP位点及应用

说明书

本发明提供了肉用西门塔尔牛6号染色体上与骨重相关的SNP位点及应用，所述SNP标记的位点为国际牛参考基因组UMD3.1版本6号染色体上第38576012个核苷酸位点，该位点的碱基是G或A。本发明通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，提高肉用西门塔尔牛的骨重，加快牛遗传改良进展从而有效提高肉牛育种的经济效益。

技术领域

本发明涉及肉用西门塔尔牛6号染色体上与骨重相关的SNP位点及其用途。

背景技术

肉用西门塔尔牛作为我国主要的肉牛品种，每年为我国消费者提供了大量牛肉。因此，加速我国肉牛分子育种进程，生产更多高品质的牛肉以满足人们对美好生活质量的需求至关重要。骨重是指肉牛屠宰后，躯体各部位骨头重之和，一般而言，骨重越大代表着牛的体型大，因此牛的肉量也较多。骨重是受多个基因控制的数量性状，牛基因组上存在大量影响骨重的数量性状基因座(quantitative trait loci，QTLs)。目前，利用全基因组关联分析(genome-wide association study，GWAS)的方法已在牛基因组上鉴别到超过诸多与骨重相关的QTLs和大量单核苷酸多态位点(single nucleotide polymorphisms，SNPs)，将其中具有显著效应的SNP加入到分子标记辅助选择(marker associated selection，MAS)、基因组选择(Genomic selection，GS)中则能显著提高骨重的遗传改良进展，进而提高后代肉牛骨重。

全基因组关联分析是基于SNP间的连锁不平衡，通过统计分析策略来鉴别影响表型和基因型之间关系的分析方法，在鉴别影响牛重要经济性状的分子标记方面发挥了重要作用。本发明通过GWAS分析策略鉴别到了影响肉用西门塔尔牛骨重的显著SNP，将其用于分子标记辅助选择和基因组选择中，选择对提高骨重有利的基因型进行留种，从而逐代提高优势等位基因的基因频率，则能加快种牛育种改良的进程，为肉牛养殖带来巨大经济效益。

发明内容

为了实现上述目标，本发明的首要目的在于提供牛6号染色体上与肉用西门塔尔牛骨重相关的SNP位点，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，其中序列中的M是G或A，导致牛骨重的不同。

所述分子标记位于肉用西门塔尔牛的6号染色体上的核苷酸序列上，所述分子标记的SNP位点为SEQ IDNO：1序列标注位置为206位的G206-A206的核苷酸突变；所述的分子标记的SNP位点对应于国际牛基因组UMD3.1版本参考序列6号染色体上第38576012位G＞A突变。

本发明的另一目的在于提供上述的分子标记在筛选高骨重的牛个体的方法，具体为，检测牛6号染色体上权利要求1所述的分子标记，所述分子标记的5’端第206位单核苷酸是G还是A，淘汰G保留A。具体体现在所述牛选自内蒙古锡林郭勒盟乌拉盖管理区牧场的肉用西门塔尔牛资源群体。

本发明的另一目的在于提供一种用于鉴定上述影响牛骨重的分子标记的引物对，所述引物对的核酸序列如下所示：

正向引物序列如SEQ ID NO：2所示；

反向引物序列如SEQ ID NO：3所示。

上述的引物对在鉴定影响牛骨重中的应用。

上述的引物对在牛基因组选择中的应用。

上述的引物对在提高牛骨重中的应用。

本发明的目的在于提供一种牛的遗传改良的方法，所述方法包括：确定种牛资源群体中的种牛的上述的影响牛骨重的分子标记的位点，并根据所述分子标记做出相应的选择：在所述种牛资源群体中选择国际牛参考基因组UMD3.1版本6号染色体上第38576012位点为GG和GA、AA基因型的种牛个体，淘汰在第38576012该位点为GG基因型的牛个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率，从而提高后代牛的骨重。