[发明专利]病理图片的处理方法有效
申请号: | 201910950440.6 | 申请日: | 2019-10-08 |
公开(公告)号: | CN110717908B | 公开(公告)日: | 2022-08-09 |
发明(设计)人: | 杨钦泰;韩蓝青;任勇;吴庆武;陈健宁;邓慧仪;孙悦奇;袁联雄;王玮豪;郑瑞;洪海裕;孔维封;黄雪琨;袁田;邱惠军;李权;黄桂芳;叶俊杰;王伦基 | 申请(专利权)人: | 中山大学附属第三医院;清华珠三角研究院 |
主分类号: | G06T7/00 | 分类号: | G06T7/00;G06T7/11;G06T7/187 |
代理公司: | 广州汇盈知识产权代理事务所(普通合伙) 44603 | 代理人: | 童卫忠 |
地址: | 510000 广*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 病理 图片 处理 方法 | ||
1.一种病理图片的处理方法,其特征在于包括下列步骤:
图像采集:
1)对数字病理玻片进行完整扫描获取到数字化病理图像;
2)将所述数字化病理图像勾画出病变区域,从而得到勾画区域,并将所述勾画区域的位置生成xml格式的文件进行保存;
3)生成一个与所述数字化病理图像的分辨率一致的大掩膜图像,并根据所述xml对其进行赋值,xml区域内为1,区域外为0,即勾画区域对应的像素值为1,其他区域对应的像素值为0;
图像处理:
设置切图的图片分辨率,读取所述数字化病理图像和所述大掩膜图像,并按照所述设置的切图的图片分辨率分别对所述数字化病理图像和所述大掩膜图像进行切图,分别得到小病理图和小掩膜图,并且小病理图和小掩膜图的位置一一对应;计算每个小掩膜图的像素平均值P,并设定阈值G,并只保存小掩膜图的像素的平均值P≥G,所对应的小病理图;若小掩膜图的像素的平均值P<G,所对应的小病理图则丢弃,其中P,G取值范围均是0到1;
所述大掩膜图、小掩膜图就是指mask图像,所述mask图像是将所述数字化病理图像中的病变区域的轮廓信息在坐标系中由x、y坐标值表示出来;
所述图像采集中步骤2)中使用开源的ASAP进行勾画,形成曲线围成的区域,生成所述xml文件,所述勾画出病变区域的位置是指所述曲线的位置,所述ASAP是Automated sildeanalysis platform,即自动玻片分析平台;
所述图像采集中步骤3)中调用ASAP自带的“multiresolutionimageinterface”库,生成所述勾画出病变区域的位置的所述大掩膜图像mask;
所述图像处理中采用开源的openslide软件进行切图处理,即用开源的openslide库确定需要切图的放大倍数及图片分辨率,最后按照确定的放大倍数及图片分辨率在大掩膜图像mask的区域自动切图。
2.根据权利要求1所述病理图片的处理方法,其特征在于:所述设置切图的图片分辨率包括有256*256格式、512*512格式与1024*1024格式。
3.根据权利要求1所述病理图片的处理方法,其特征在于所述阈值G:0.8≤G<1。
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