[发明专利]一种基于转录组序列开发多态性SSR标记的方法

权利要求书

1.一种基于转录组序列开发多态性SSR标记的方法，其特征在于：包括以下步骤：

S1、获得目标物种多个样本的转录组序列；

S2、对每个样本转录组序列，分别检测潜在的SSR位点信息；

S3、对步骤S2中检出的SSR位点信息，利用序列筛选程序进行筛选，获得SSR位点重复基序类型与其相邻核苷酸序列信息；

S4、对步骤S3中检出的SSR位点重复基序与其核苷酸序列信息，采用Perl语言编写程序，从中筛选样本间多态性SSR候选位点；

S5、对步骤S4中携带多态性SSR位点的转录组序列集，拼接为无重复的叠连群Uni-contig，依据其侧翼保守序列设计引物，进行标记多态性检测。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：还包括以下步骤S6：利用获得的SSR标记引物对，以目标物种的基因组DNA为模板，分别执行PCR扩增，根据扩增结果验证引物的有效性。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：还包括以下步骤S7：对Uni-contig序列，搜索NCBI蛋白质数据库，依据E-value最小原则判定与SSR位点连锁的基因功能。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：在步骤S1中，首先取目标物种的若干样本，分别对其转录组进行高通量测序获得Reads，再通过Trinity软件将测序得到的所有reads进行拼接组装，最终获得转录组序列。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：在步骤S2中，转录组序列进行SSR位点搜索，其中，二碱基、三碱基、四碱基、五碱基与六碱基基序重复次数分别至少为6、5、4、4、4次。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：在步骤S3中，与SSR位点重复基序相邻的上、下游核苷酸序列长度设为10bp。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于：在步骤S4中，依据SSR重复基序与相邻10bp核苷酸序列一致，判定为相同SSR位点；以重复基序存在变异，判定为多态性SSR候选标记。

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：在步骤S5中，根据引物在Uni-contig中的跨度区间，准确计算该SSR标记PCR扩增产物长度。