[发明专利]花生株型相关基因位点的分子标记方法及其应用

权利要求书

1.一种分子标记辅助选择花生株型相关基因位点的分子标记方法，其特征在于：包括用于鉴别花生侧枝角度、生长习性和株型相关基因位点的匍匐型和直立型等位变异的CAPS分子标记LBA5b-caps，分子标记LBA5b-caps匍匐型等位变异的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，所述分子标记LBA5b-caps直立型等位变异的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；分子标记LBA5b-caps的引物对为：上游引物序列如SEQ ID NO:3所示，下游引物序列如SEQ ID NO:4所示。

2.根据权利要求1所述的分子标记辅助选择花生株型相关基因位点的分子标记方法，其特征在于：还包括鉴别花生侧枝角度、生长习性和株型相关基因位点两侧连锁的InDel标记，包括上游InDel标记PM15-ID1对应的序列如SEQ ID NO:5所示，下游InDel标记PM15-ID2对应的序列如SEQ ID No.6所示；

InDel标记PM15-ID1的引物对为：

上游PM15-ID1-F:5`-GTTGAGGGTTAGAATCGAAACTG-3`如SEQ ID NO:7所示；

下游PM15-ID1-R:5`-GGAGAAGAAGGTCCCAAAGGTG-3`如SEQ ID NO:8所示；

InDel标记PM15-ID2的引物对为：

上游PM15-ID2-F:5`-ATCCAAACCTATCGAAGCTG-3`如SEQ ID NO:9所示；

下游PM15-ID2-R:5`-AAGAGGGAGTTGAACCGTAA-3`如SEQ ID NO:10所示。

3.权利要求1所述分子标记LBA5b-caps在花生侧枝角度、生长习性和株型相关基因位点分子标记辅助选择中的应用，其特征在于：以花生基因组DNA为模板，利用分子标记LBA5b-caps上下游引物进行PCR扩展，对扩增产物进行限制性内切酶Sca I的消化，之后通过琼脂糖电泳分离检测消化后的产物，如果PCR产物被切成两个小片段，则说明该个体存在LBA5b增效等位变异基因位点，如果PCR产物不能被切开，则说明该个体不存在LBA5b增效变异基因，而存在降低侧枝与主茎间角度的减效等位变异lba5b。

4.根据权利要求3所述的分子标记LBA5b-caps在花生侧枝角度、生长习性和株型相关基因位点分子标记辅助选择中的应用，其特征在于：PCR扩展反应为：PCR体系为25ul，其中2×Taq Master Mix(Dye Plus)12.5ul，模板1ul，10um上下游引物各1ul，加水至25ul；PCR反应程序为DNA 95℃预变性5min；95℃变性30s，55℃退火15s，72℃延伸30s，循环35次；最后72℃延伸10min。

5.根据权利要求3所述的分子标记LBA5b-caps在花生侧枝角度、生长习性和株型相关基因位点分子标记辅助选择中的应用，其特征在于：限制性内切酶消化反应为：体系为25ul，其中PCR产物5ul，10×H Buffer 2.5ul，ScaⅠ1ul，加水至25ul，PCR仪37℃保温1h后加入2.5ul10×Loading Buffer终止反应。

6.根据权利要求3所述的分子标记LBA5b-caps在花生侧枝角度、生长习性和株型相关基因位点分子标记辅助选择中的应用，其特征在于：琼脂糖电泳检测方法为：利用加热或微波炉将1％的琼脂糖TAE溶液融化后，制作水平电泳凝胶，再在凝胶中加入核酸燃料；将消化后的产物加入适量loading buffer后混匀加入上样孔中，在120V的电压下进行电泳。

7.权利要求2所述所述分子标记在花生侧枝角度、生长习性和株型相关基因位点分子标记辅助选择中的应用，其特征在于：用InDel标记PM15-ID1或PM15-ID2的上下游引物扩增匍匐型花生(小红毛)与直立型花生(南阳花生)的杂交后代的基因组DNA，对于InDel标记PM15-ID1如果能扩增出281bp则标志着匍匐型花生的增效等位变异位点的存在，否则扩增出293bp则标志着存在直立型花生的减效等位变异(见图3)；对于InDel标记PM15-ID2如果能扩增出209bp的扩增片段，则标志着匍匐型花生的增效等位变异位点的存在，否则扩增出179bp则标志着存在直立型花生的减效等位变异。