[发明专利]一种猪精子畸形率相关的分子遗传标记及其应用

说明书

本公开提供了一种猪精子畸形率相关的分子遗传标记，所述分子遗传标记位点为H3GA0014627，所述H3GA0014627标记位点为公猪4号染色体第123567821bp位置，所述第123567821bp位置为一个CT突变位点，猪参考基因组为Sscrofa11.1。所述猪精子畸形率相关的分子遗传标记不同基因型的公猪。精子畸形率有显著差异，且T等位基因显著降低精子畸形率，可通过检测H3GA0014627分子遗传标记位点基因型辅助公猪的选育，选留精子畸形率低的纯合公猪，降低精子畸形率，从而有效的提高公猪利用效率。

技术领域

本公开属于分子遗传生物技术领域，具体涉及一种猪精子畸形率相关的分子遗传标记及其应用。

背景技术

人工受精(AI)自1954年在我国应用研究以来，至今经过数十年的技术改进和融合以及国家的支持，人工受精技术在我国越来越成熟，在大中型养殖场的应用也基本普及。人工受精的优点是不仅提高了优良公猪的利用率，还能对公猪精液品质进行适时的检测和记录。同时，通过对精液质量评定还能监控公猪健康状况和繁殖潜力，从而可优化个体遗传潜力，发挥最大繁殖能力。

在人工授精的过程中，由于精子形态不佳而导致有效精子数量降低，从而导致怀孕率下降。因此，在人工授精之前，必须对精子的形态以及活力进行分析检测。精子畸形率是指畸形精子占总精子的百分率。公猪的畸形精子率一般不能超过18％，否则应弃去(今日养猪)。畸形精子指巨型精子、短小精子、断尾、断头、顶体脱落、原生质、头大、双头、双尾、折尾等精子，一般不能直线运动，受精能力较差(猪精液的检测及测定标准，综合养猪)。现今常用吉姆萨染色法测定畸形率，此种方法计数准确但费时费力。

畸形率较高，经过数月正常天气和良好的饲喂调整，再对种公猪精子进行形态观察，仍有较高的畸形率，则可认为畸形率高是由于种公猪遗传因素造成的，应予以淘汰。因此，挖掘和利用新的预防精子畸形率基因对于猪的遗传育种有着重大意义。

基于覆盖全基因组的高密度SNP数据和大群体的性状表型记录，可通过全基因组关联分析技术(GWAS)准确定位控制性状的候选基因。其已被广泛应用于人类复杂疾病候选基因挖掘和畜禽重要经济性状关键基因的定位。经典的GWAS一般基于Plink等软件对所有标记逐个进行单标记回归分析，继而设定一个显著阈值来筛选显著位点。这类方法往往面临计算强度大、过高估计标记效应、显著性阈值设定不合理等问题。为了进一步提高GWAS的效率，新方法和软件不断被提出。其中，一步法全基因组关联分析(wssGWAS)同时利用系谱、历史个体表型记录和基因型数据进行关联分析，适用于大量个体拥有表型记录而只有少量个体拥有基因型数据的情况，尤其适用于畜禽重要经济性状的全基因组关联分析。

发明内容

本公开的目的是提供一种猪精子畸形率相关的分子遗传标记及其应用，可通过检测分子遗传标记位点，选留精子畸形率低的公猪，提高有效精子数量。

为实现上述目的，技术方案如下：

一种猪精子畸形率相关的分子遗传标记，其特征在于，所述分子遗传标记为H3GA0014627标记，所述H3GA0014627标记位于猪4号染色体第123567821bp位置，所述第123567821bp位置为一个CT突变位点，C为大频率等位基因，T为小频率的等位基因，猪参考基因组为Sscrofa11.1。

所述H3GA0014627的标记的核苷酸序列为突变位点的上下游100bp序列。

所述H3GA0014627的标记的核苷酸序列为：