[发明专利]宏基因组或宏转录组测序数据自动化分析方法及系统

权利要求书

1.一种宏基因组或宏转录组测序数据自动化分析方法，其特征在于，包括以下步骤：

获取测序数据：获取待分析样本的宏基因组或宏转录组测序下机数据，以基因序列信息匹配微生物类型，得到初始菌种列表；

CRP数据库过滤：将上述初始菌种列表中的各菌种与预设临床可报病原体数据库中的菌种进行比对，保留记载于所述临床可报病原体数据库中的菌种和相对丰度大于阈值的菌种，得CRP数据库过滤后菌种列表；具体的，将初始菌种列表中的各菌种与预设临床可报病原体数据库中的菌种进行比对，按照下述方法处理：

S1A：如一菌种存在于所述临床可报病原体数据库菌种名单中，保留该菌种；

S2A：如一菌种不存在于所述临床可报病原体数据库菌种名单中，则考察该菌种的相对丰度，如该菌种的相对丰度大于阈值，则保留该菌种，如该菌种的相对丰度小于阈值，则将该菌种过滤；所述临床可报病原体数据库通过以下方法建立：根据文献中疑似病原体研究进展或案例报道，以确认具有致病性的致病菌建立临床可报病原体数据库；

背景库过滤：将上述CRP数据库过滤后菌种列表中的各菌种与预设背景库中的菌种进行比对，保留未记载于所述背景库中的菌种和相对丰度大于阈值的菌种，得背景库过滤后菌种列表；具体的，将CRP数据库过滤后菌种列表中的各菌种与预设背景库中的菌种进行比对，按照下述方法处理：

S1B：如一菌种不存在于所述背景库菌种名单中，保留该菌种；

S2B：如一菌种存在于所述背景库菌种名单中，则考察该菌种的相对丰度，如该菌种的相对丰度大于阈值，则保留该菌种，如该菌种的相对丰度小于阈值，则将该菌种过滤；

所述背景库通过以下方法建立：选取相同样本类型、检测类型和菌种类型的历史检测数据进行分析，挑选在所有历史样本中出现频率大于50%的菌种，组成该样本类型、检测类型和菌种类型的背景库；

差异性比较：统计本批次内阴性对照样本中检测到的对应菌种，获得阴性菌种目录；分析上述背景库过滤后菌种列表中的各菌种，保留检测序列数大于阈值的菌种，然后与所述阴性菌种目录进行比对，保留未记载于所述阴性菌种目录中的菌种，以及待分析样本检测序列数与阴性对照样本检测序列数比值大于阈值的菌种，得差异性比较后菌种列表；

属内菌种排名：按照细菌，病毒，真菌，寄生虫的类别分别对各菌种进行排名，其中，属按照属的总相对丰度排名，种按照种的序列数排名；按照预设规则，截取排名靠前的菌种，得属内菌种排名后列表；

CCRP数据库增补：将上述步骤中过滤排除的菌种，与预设临床重点关注病原体数据库中的菌种进行比对分析，保留符合预定条件的菌种；具体的，按照下述方法进行比对分析：

对于经差异性比较步骤过滤的菌种：

S1G：如该菌种存在于所述临床重点关注病原体数据库中，且该菌种的相对丰度大于阈值，则保留该菌种；

S2G：如该菌种不存在于所述临床重点关注病原体数据库中，则将该菌种过滤；

对于经属内菌种排名步骤过滤的菌种：

S1H：如该菌种存在于所述临床重点关注病原体数据库中，则保留该菌种；

S2H：如该菌种不存在于所述临床重点关注病原体数据库中，则将该菌种过滤；

所述临床重点关注病原体数据库通过以下方法建立：按照文献和耐药监测公布信息中涉及到的致病菌建立；

结果输出：将上述各步骤分析处理后保留的菌种结果输出。

2.根据权利要求1所述的宏基因组或宏转录组测序数据自动化分析方法，其特征在于，根据待分析样本的样本类型、检测类型和菌种类型，选用相应的背景库；所述样本类型包括：肺泡灌洗液，血液，痰液，脑脊液；所述检测类型包括：宏基因组检测，宏转录组检测；所述菌种类型包括：细菌，病毒，真菌，寄生虫。