[发明专利]一种miRNA海绵互作对的识别方法

说明书

本发明提供一种miRNA海绵互作对的识别方法，涉及基因识别技术领域。该miRNA海绵互作对的识别方法包括：获取样本的海绵基因表达矩阵、靶基因表达矩阵以及miRNA表达矩阵。并计算匹配样本的海绵基因和靶基因的miRNA海绵互作对识别参数。若匹配样本的海绵基因和靶基因的miRNA海绵互作对识别参数符合预设条件，则确认匹配样本的海绵基因和靶基因为miRNA海绵互作对。由于在计算miRNA海绵互作对识别参数融合了异构数据源，并且在确定miRNA海绵互作对时，是基于miRNA的竞争机制来衡量miRNA海绵之间的竞争强度，来识别miRNA海绵之间的非线性相关关系，进而确定miRNA海绵互作对，实现了时间复杂度适当，且能识别miRNA海绵之间的非线性相关关系。

技术领域

本发明涉及基因识别技术领域，具体而言，涉及一种miRNA海绵互作对的识别方法、装置、设备及存储介质。

背景技术

微小RNA(MicroRNA，miRNA)是内源长约22个核苷酸的一类非编码小RNA分子，它通过调控蛋白质编码基因mRNA(Messenger RNA)来抑制转录后的基因表达。miRNA在细胞分化、细胞增殖、细胞生长、细胞迁移、细胞凋亡和癌症等生物过程中发挥重要调控作用。共享MREs(miRNA response elements)的不同基因转录物间相互竞争来调节基因表达。这些具有竞争关系的转录物统称为ceRNA或miRNA海绵，包括编码蛋白的mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)、假基因转录本(pseudogene)以及环状RNA (circRNA)等，所形成的RNA调控网络称为ceRNA或miRNA海绵互作网络。有研究表明：miRNA海绵互作网络与包括癌症在内的人类复杂疾病密切相关，预示着miRNA海绵作为新型的人类复杂疾病诊断和靶向治疗生物标记物。

现有技术中，可以通过识别miRNA海绵之间的非线性相关关系来识别 miRNA海绵互作网络，为了识别miRNA海绵互作网络，可以使用基于条件互信息(Conditional MutualInformation)的HERMES方法进行识别。

但是，条件互信息的计算效率低并且时间复杂度高，不适用于大规模数据的miRNA海绵互作网络识别。

发明内容

本发明的目的在于，针对上述现有技术中的不足，提供一种miRNA海绵互作对的识别方法、装置、设备及存储介质，以改善现有技术中，识别 miRNA海绵之间的非线性相关关系时，计算效率低并且时间复杂度高，不适用于大规模数据的miRNA海绵互作网络识别的问题。

为实现上述目的，本发明实施例采用的技术方案如下：

第一方面，本发明实施例提供了一种miRNA海绵互作对的识别方法，包括：

获取样本的海绵基因表达矩阵、靶基因表达矩阵以及miRNA表达矩阵。根据样本的海绵基因表达矩阵、靶基因表达矩阵、miRNA表达矩阵以及预设的miRNA-靶基因调控关系数据，计算样本的海绵基因和靶基因的 miRNA海绵互作对识别参数。若样本的海绵基因和靶基因的miRNA海绵互作对识别参数符合预设条件，则确认样本的海绵基因和靶基因为miRNA海绵互作对。

可选地，样本的海绵基因表达矩阵中包括多个匹配样本的海绵基因表达矩阵，每个匹配样本的海绵基因表达矩阵中包括多个海绵基因；样本的靶基因表达矩阵中包括多个匹配样本的靶基因表达矩阵，每个匹配样本的靶基因表达矩阵中包括多个靶基因。

相应的，根据样本的海绵基因表达矩阵、靶基因表达矩阵、miRNA表达矩阵以及预设的miRNA-靶基因调控关系数据，计算匹配样本的海绵基因和靶基因的miRNA海绵互作对识别参数，包括：根据一个海绵基因、与海绵基因为互作对的靶基因、以及预设的miRNA-靶基因调控关系数据，计算海绵基因、靶基因的miRNA海绵互作对识别参数。