[发明专利]利用宏基因组技术辅助检测食品中是否含有C2Z7型转基因玉米成分的方法

权利要求书

1.用于检测下表所示基因和菌种丰度的物质在辅助检测食品中是否含有C2Z7型转基因玉米中的应用；

2.辅助检测食品中是否含有C2Z7型转基因玉米的产品，包括用于检测下表所示基因和菌种丰度的物质；

3.一种辅助检测食品中是否含有C2Z7型转基因玉米的方法，包括如下步骤：

(1)对小鼠分别喂食普通饲料和待测饲料；所述待测饲料为待测食品与普通饲料的混合物；

(2)所述步骤(1)进行10周后，提取小鼠粪便的总DNA，进行高通量测序；

(3)对测序结果进行分析，得到样本特定基因和菌种丰度数值，按照下表所示标准范围进行判断；如果下表中所列标准范围均满足，则待测食品中含有或可能含有C2Z7型转基因玉米；反之，待测食品中不含有C2Z7型转基因玉米；

所述特定基因和菌种及标准丰度范围为下表所示的基因和菌种及数值；

表

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4.如权利要求3所述的方法，其特征在于：所述待测饲料为1体积份待测食品与3体积份普通饲料的混合物。

5.如权利要求3或4所述的方法，其特征在于：

所述测序结果分析方法如下：

(1)对测序数据进行质控过滤；

(2)完成步骤(1)后，将过滤后得到的有效数据进一步使用SOAP denovo软件进行组装，得到Scaffolds序列；

(3)完成步骤(2)后，将Scaffolds序列从N连接处打断，得到不含N的Scaftigs序列，过滤掉500bp以下的片段，余下的Scaftigs序列片段进一步用MetaGeneMark软件进行开放阅读框预测和过滤，并用CD-HIT软件进行去冗余；

(4)完成步骤(3)后，以去冗余得到的代表性片段为基准，用有效数据结果去比对，获得各基因片段在各样本中的reads数，然后过滤掉reads数不超过2个的基因片段，余下的Clean Data片段，组成Unigenes列表，用于计算基因丰度等信息，并比对KEGG数据库，进行代谢通路的功能注释和丰度分析；

(5)完成步骤(4)后，采用DIAMOND软件，将Unigenes比对到NCBI的Microbe NR数据库，然后选取evalue≤最小evalue*10的比对结果，应用MEGAN软件的LCA算法，对各序列进行物种注释，结合Unigenes丰度，获得各样本在各种属层级上的丰度信息和基因数目信息。

6.如权利要求5所述的方法，其特征在于：

对测序数据进行质控过滤的步骤包括去除如下reads的步骤：

(a1)小于40bp的reads，N碱基含量超过10bp的reads；

(a2)与测序接头序列overlap超过15bp的reads；

(a3)源自小鼠(宿主)的reads。

7.如权利要求3至6任一所述的方法，其特征在于：所述测序平台为IlluminaNovaseq6000高通量测序平台。

8.如权利要求3至7任一所述的方法，其特征在于：所述小鼠为BALB/C-Tg(NFκB-RE-luc)-Xen小鼠。

9.记载有权利要求3至8任一所述方法的载体在辅助检测食品中是否含有C2Z7型转基因玉米中的应用或在制备用于辅助检测食品中是否含有C2Z7型转基因玉米的产品中的应用。

10.权利要求1中所示的菌种和基因作为标志物在辅助检测食品中是否含有C2Z7型转基因玉米中的应用。