[发明专利]基于融合属性的miRNA-疾病关联识别方法及系统有效
申请号: | 201911095171.6 | 申请日: | 2019-11-11 |
公开(公告)号: | CN110853763B | 公开(公告)日: | 2022-07-19 |
发明(设计)人: | 曹步文;邓曙光;阳王东 | 申请(专利权)人: | 湖南城市学院 |
主分类号: | G16H50/70 | 分类号: | G16H50/70;G16B30/00 |
代理公司: | 北京高沃律师事务所 11569 | 代理人: | 刘凤玲 |
地址: | 413000 *** | 国省代码: | 湖南;43 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 融合 属性 mirna 疾病 关联 识别 方法 系统 | ||
1.一种基于融合属性的miRNA-疾病关联识别方法,其特征在于,所述方法包括:
获取待分析的疾病数据库;所述疾病数据库中存储有多种疾病类型和多个miRNA;
计算所述疾病数据库中任意两个miRNA之间的功能相似性;
根据所述任意两个miRNA之间的功能相似性构建miRNA网络无向图;
根据所述miRNA网络无向图计算所述任意两个miRNA之间的聚集系数;
根据所述任意两个miRNA之间的功能相似性和聚集系数确定所述任意两个miRNA之间的组合权重;
根据所述任意两个miRNA之间的组合权重计算每个miRNA顶点的权重;
根据所述每个miRNA顶点的权重大小对各个miRNA进行降序排序;
根据降序排序结果筛选与疾病相关的潜在miRNA。
2.根据权利要求1所述的miRNA-疾病关联识别方法,其特征在于,所述计算所述疾病数据库中任意两个miRNA之间的功能相似性,具体包括:
采用公式计算所述疾病数据库中任意两个miRNA之间的功能相似性;其中miRNA m1和miRNA m2为所述疾病数据库中的任意两个miRNA;MSim(m1,m2)表示miRNA m1与miRNA m2之间的功能相似性;DT1表示与miRNA m1相关联的疾病集,|DT1|表示与miRNAm1相关联的疾病集的长度,dt1i表示疾病集DT1中的第i种疾病;DT2表示与miRNA m2相关联的疾病集,|DT2|表示与miRNA m2相关联的疾病集的长度,dt2j表示疾病集DT2中的第j种疾病;Sim(dt1i,DT2)表示疾病dt1i与疾病集DT2之间的相似度,Sim(dt2j,DT1)表示疾病dt2j与疾病集DT1之间的相似度。
3.根据权利要求2所述的miRNA-疾病关联识别方法,其特征在于,所述根据所述miRNA网络无向图计算任意两个miRNA之间的聚集系数,具体包括:
获取所述miRNA网络无向图中所述miRNA m1的邻居结点集合Nm1,以及所述miRNA m2的邻居结点集合Nm2;
采用公式计算miRNA m1与miRNA m2之间的聚集系数ECC(m1,m2);其中|Nm1∩Nm2|表示Nm1与Nm2的交集中的结点个数;|Nm1|表示Nm1中的结点个数;|Nm2|表示Nm2中的结点个数;min(|Nm1|,|Nm2|)表示miRNA m1与miRNA m2的邻居结点的最小数目。
4.根据权利要求3所述的miRNA-疾病关联识别方法,其特征在于,所述根据所述任意两个miRNA之间的功能相似性和聚集系数确定所述任意两个miRNA之间的组合权重,具体包括:
根据所述任意两个miRNA之间的功能相似性MSim(m1,m2)和聚集系数ECC(m1,m2),采用公式确定所述miRNA m1与miRNA m2之间的组合权重ω(m1,m2)。
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