[发明专利]大白菜抗根肿病新基因CRw紧密连锁的SNP分子标记及应用

说明书

本发明公开了一种大白菜抗根肿病新基因CRw紧密连锁的SNP分子标记及应用。本发明提供了双侧分子标记(BVRC‑A03033590标记和BVRC‑A03035160标记)。BVRC‑A03033590标记相应的SNP位点及其周边序列如序列表的序列4所示(SNP位点为序列4的第101位，命名为SNP位点甲，为T/A多态)。BVRC‑A03035160标记相应的SNP位点及其周边序列如序列表的序列8所示(SNP位点为序列8的第101位，命名为SNP位点乙，为T/A多态)。两个标记可以联合或者单独使用，用于大白菜抗根肿病分子标记辅助育种。本发明的应用将对加快大白菜抗根肿病育种进程起到重要作用。

技术领域

本发明涉及一种大白菜抗根肿病新基因CRw紧密连锁的SNP分子标记及应用。

背景技术

十字花科蔬菜根肿病是由芸薹根肿菌(Plasmodiophora brassicae Woron)侵染引起的一种世界性病害。根肿病最早发现于地中海沿岸(英国，1737)和欧洲南部(前苏联列宁格勒，1872)。我国自1955年首次发现根肿病以来，现已扩散至全国各地。

在根肿病抗病基因研究方面，国外很早就对芸薹种种质资源中的抗根肿病(CR)基因进行挖掘。目前报道的位于A03染色体的大白菜抗根肿病基因有5个，其中CRa是第一个被克隆的CR基因，该基因编码TIR-NBS-LRR(TNL)类蛋白，同时已开发出该基因的功能分子标记。Saito等(2006)将Crr3精细定位在A03连锁群BrSTS-33和BrSTS-78标记间0.35cM的区间内。Sakanoto等(2008)利用F2群体和STS标记，定位得到位于A03连锁群上的CRk新位点。朴钟云研究组先后在A03染色体上定位了CRb和CRd这2个CR基因。

分子标记在目标资源筛选，定位调控特定农艺性状的基因，基因聚合，品种鉴定等方面的应用越来越广泛。SNP属于新一代分子标记，具有丰度高、检测易实现自动化等特点。基于KASP(竞争性等位基因特异性PCR)的SNPline基因分型检测是英国LGC(Laboratory ofthe Government Chemist)有限公司开发的高通量SNP分型技术，其具有准确、灵活、低成本、高通量的特点。该方案的核心是KASP技术，即Competitive Allele-Specific PCR。目前该项技术已经成为国际上SNP分析的主流方法之一。

发明内容

本发明的目的是提供一种大白菜抗根肿病新基因CRw紧密连锁的SNP分子标记及应用。

本发明提供了用于鉴定SNP位点甲的物质和/或用于鉴定SNP位点乙的应用，为如下(a)或(b)：(a)鉴定大白菜的根肿病抗性；(b)选育抗根肿病大白菜。

本发明还提供了一种鉴定大白菜的根肿病抗性的方法，为方法Ⅰ-1或方法Ⅰ-2。

方法Ⅰ-1包括如下步骤：检测供试大白菜基于SNP位点甲的基因型和基于SNP位点乙的基因型；如果供试大白菜基于SNP位点甲的基因型为TT纯合型且基于SNP位点乙的基因型为TT纯合型，供试大白菜为抗根肿病大白菜。

方法Ⅰ-2包括如下步骤：检测供试大白菜基于SNP位点甲携带的等位基因和基于SNP位点乙携带的等位基因；如果供试大白菜在SNP位点甲携带T等位基因且在SNP位点乙携带T等位基因，供试大白菜为抗根肿病大白菜。

本发明还提供了一种选育抗根肿病大白菜的方法，为方法Ⅰ-3或方法Ⅰ-4。

方法Ⅰ-3包括如下步骤：检测供试大白菜基于SNP位点甲的基因型和基于SNP位点乙的基因型；选择基于SNP位点甲的基因型为TT纯合型且基于SNP位点乙的基因型为TT纯合型的大白菜作为抗根肿病大白菜(可以作为目标植株，也可以作为下一步育种的亲本)。