[发明专利]一种联合分析单细胞scRNA-seq和scATAC-seq的流程方法

权利要求书

1.一种联合分析单细胞scRNA-seq和scATAC-seq的流程方法，其特征在于：包括scRNA-seq分析、scATAC-seq分析、scRNA-seq和scATAC-seq联合分析；

所述scRNA-seq分析包括如下步骤：

A1、原始数据处理；

A2、差异分析和细胞聚类；

A3、TF的查找；

所述scATAC-seq分析包括如下步骤：

B1、原始数据处理；

B2、信号峰的位置和强度的寻找；

B3、相关性分析和差异分析；

B4、转录因子搜寻。

2.根据权利要求1所述的一种联合分析单细胞scRNA-seq和scATAC-seq的流程方法，其特征在于，所述步骤A1以测序得到的原始数据的Fastq格式文件为输入文件进行原始数据处理。

3.根据权利要求1所述的一种联合分析单细胞scRNA-seq和scATAC-seq的流程方法，其特征在于，所述步骤A2将步骤A1所得的结果放置在一个文件夹中，进行读取，并用limma包进行计算，找出差异基因。

4.根据权利要求1所述的一种联合分析单细胞scRNA-seq和scATAC-seq的流程方法，其特征在于，所述步骤A3根据Trrust中转录因子与基因的对应关系网站将上述的差异基因回溯TF，找到调控差异基因的TF。

5.根据权利要求1所述的一种联合分析单细胞scRNA-seq和scATAC-seq的流程方法，其特征在于，所述步骤B1以测序得到的原始的fastq格式文件为输入文件进行原始数据预处理，将fastq文件的序列使用Bowtie2比对到hg38上，Bowtie2的预备设计参数为very-sensitive，比对完成后获得bam文件。

6.根据权利要求1所述的一种联合分析单细胞scRNA-seq和scATAC-seq的流程方法，其特征在于，所述步骤B2寻找每组样本中的ATAC-seq信号峰的位置，统计每个信号峰的范围内测序读长的数目，将每个样品与每一个信号峰处的信号强度列成矩阵，按照每行表示一个信号峰，每列表示一个样品，得到经过标准化后的表达矩阵。

7.根据权利要求1所述的一种联合分析单细胞scRNA-seq和scATAC-seq的流程方法，其特征在于，所述步骤B3中得到表达矩阵后，根据皮尔森计算方法，我们计算样本之间的相关性，得到了皮尔森相关系数，基于相关系数，对样本进行层次聚类绘制热图，得到表达矩阵文件后，使用DEseq2对数据进行差异分析，得到差异信号峰的数量，接着对数据进行对比，得出差异分析。

8.根据权利要求1所述的一种联合分析单细胞scRNA-seq和scATAC-seq的流程方法，其特征在于，所述步骤B4中对应的信号峰中，搜寻其中富集的转录因子。

9.根据权利要求1所述的一种联合分析单细胞scRNA-seq和scATAC-seq的流程方法，其特征在于，所述scRNA-seq和scATAC-seq联合分析包括如下步骤：单独分析scRNA-seq和scATAC-seq后，再使用皮尔森相关性分析能够对两种数据的共有的差异表达的基因或转录因子进行相关性分析。

10.根据权利要求9所述的一种联合分析单细胞scRNA-seq和scATAC-seq的流程方法，其特征在于，所述scRNA-seq和scATAC-seq联合分析采用耦合分析的方法进行分析数据。