[发明专利]一种基于LGR5基因多态性检测奶牛副乳头发生风险的方法

说明书

本发明涉及分子生物学及生物分析应用领域，具体涉及一种基于LGR5基因多态性检测奶牛副乳头发生风险的方法。本发明首次发现与奶牛的副乳头发生显著关联的SNPs，分别为位于牛基因组Bos_taurus_UMD_3.1.1版本参考序列第5号染色体的第1088765 bp处多态性为A/G的SNP、第1088767 bp处的多态性为A/T的SNP和第1089110 bp处的多态性为A/C的SNP。本发明提供的与中国荷斯坦牛的副乳头发生显著关联的SNPs可作为分子标记用于检测中国荷斯坦牛的副乳头的发生风险，对中国荷斯坦牛副乳头发生的早期检测和预防具有重要的指导意义，适于推广应用。

技术领域

本发明涉及分子生物学及生物分析应用领域，具体涉及一种基于LGR5基因多态性检测中国荷斯坦牛的副乳头发生风险的方法。

背景技术

副乳头为哺乳动物的一种常见于乳房区域的良性发育畸形，其发生会使奶牛乳房炎高发且久治不愈。目前，牧场管理者通常对副乳头进行剪除处理，这种处理不符合目前对动物福利愈加重视的形势同时也加大了奶牛的管理难度和饲养成本，故副乳头的发生对犊牛以及泌乳牛均会造成不同程度的经济损失。

随着分子遗传学技术和数量遗传学的发展，分子遗传标记和标记辅助选择被广泛地应用到畜禽育种中，并取得了巨大的成就。Sanger测序法适合对短基因片段进行SNP筛查，通过直接测序方法进行SNP检测的检出率及准确度接近100％，是SNP检测的金标准。直接测序方法检测SNPs的原理为将可能的SNPs进行PCR扩增，结合DNA测序找到SNPs并确定碱基替换类型。开发高效的用于检测奶牛副乳头发生风险的SNP分子标记对于奶牛副乳头发生的检测和预防具有重要意义。然而，目前尚缺乏能够用于奶牛副乳头发生风险预测的SNP分子标记。

发明内容

为了解决现有技术中存在的技术问题，本发明的目的是提供一种准确性高、方便快捷、价格低廉，适于推广应用的预测奶牛副乳头发生风险的方法。

为实现上述目的，本发明通过对大量的有、无副乳头中国荷斯坦牛的包括Wnt信号通路、oxytocin通路、MAPK通路等多个信号通路内的基因及其上下游序列进行分析，发现了与中国荷斯坦牛副乳头发生相关的3个SNPs，这3个SNPs分别位于中国荷斯坦牛基因组Bos_taurus_UMD_3.1.1版本参考序列第5号染色体的第1088765bp(rs42849472)、第1088767bp(rs42849471)和第1089110bp(rs42849470)，其多态性依次为A/G、A/T和A/C。同时这3个SNPs均位于LGR5基因的第一内含子的启动子区，这3个SNPs的突变可能通过调控LGR5基因的表达或改变mRNA的结构等，使得牛的乳腺组织发育异常。

具体地，本发明的技术方案如下：

第一方面，本发明提供与奶牛副乳头发生相关的SNP分子标记，其包含如下SNP分子标记中的一个或多个：

(1)位于牛基因组Bos_taurus_UMD_3.1.1版本参考序列第5号染色体的第1088765bp处的SNP分子标记，其多态性为A/G；

(2)位于牛基因组Bos_taurus_UMD_3.1.1版本参考序列第5号染色体的第1088767bp处的SNP分子标记，其多态性为A/T；

(3)位于牛基因组Bos_taurus_UMD_3.1.1版本参考序列第5号染色体的第1089110bp处的SNP分子标记，其多态性为A/C。

上述3个SNPs均位于LGR5基因的第一内含子中。

具体地，所述SNP分子标记包括位于如SEQ ID NO.1所示序列的第220位多态性为A/G、第222位多态性为A/T和第565位多态性为A/C的SNP分子标记中的一种或多种。

第二方面，本发明提供用于扩增所述SNP分子标记的特异性引物。

优选地，所述特异性引物包括：