[发明专利]单细胞测序在免疫细胞分析中的应用在审
申请号: | 201911142014.6 | 申请日: | 2019-11-20 |
公开(公告)号: | CN110819706A | 公开(公告)日: | 2020-02-21 |
发明(设计)人: | 范珏;陈云美;方南;高月 | 申请(专利权)人: | 苏州新格元生物科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6869 | 分类号: | C12Q1/6869;C12Q1/6886;C12M1/34;G16B25/10;G16B30/00;G16B50/30 |
代理公司: | 北京品源专利代理有限公司 11332 | 代理人: | 巩克栋 |
地址: | 215000 江苏省苏州市工*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 单细胞 免疫 细胞 分析 中的 应用 | ||
1.单细胞测序在免疫细胞分析中的应用,其特征在于,所述免疫细胞包括T细胞、单核细胞、自然杀伤细胞、B细胞、巨噬细胞、粒细胞、肥大细胞、巨核细胞或树突状细胞中的任意一种或至少两种的组合;
所述免疫细胞分析包括对免疫细胞和/或免疫细胞亚型的种类、状态或比例中的任意一种或至少两种的组合进行分析。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述T细胞包括CD4+T细胞、CD8+T细胞、初始T细胞、记忆T细胞、效应T细胞、辅助性T细胞、调节性T细胞或自然杀伤性T细胞中的任意一种或至少两种的组合。
3.一种免疫细胞分析装置,其特征在于,所述装置包括单细胞测序单元、生物信息分析单元、细胞亚型注释单元和细胞亚型差异分析单元。
4.根据权利要求3所述的装置,其特征在于,所述单细胞测序单元包括单细胞处理模块、文库构建模块或测序模块中的任意一种或至少两种的组合;
优选地,所述文库构建模块采用SCOPE进行文库构建;
优选地,所述测序模块采用Illumina进行测序。
5.根据权利要求3或4所述的装置,其特征在于,所述生物信息分析单元包括细胞分布分析模块、细胞亚型分析模块或细胞轨迹分析模块中的任意一种或至少两种的组合;
优选地,所述细胞分布分析模块采用聚类算法和/或降维算法进行细胞分布分析;
优选地,所述聚类算法包括SNN模型;
优选地,所述细胞亚型分析模块采用t-SNE进行细胞亚型分析;
优选地,所述细胞轨迹分析模块采用monocle2进行细胞轨迹分析。
6.一种免疫细胞分析方法,其特征在于,采用如权利要求3-5任一项所述的装置,所述方法包括以下步骤:
(1)单细胞测序:对样本进行单细胞处理,构建文库并测序;
(2)生物信息分析:将测序结果进行聚类运算和降维运算,获得细胞的分布状态,和/或进行t-SNE分析,获得细胞亚型组成,和/或进行细胞轨迹分析;
(3)细胞亚型注释;
(4)细胞亚型差异分析。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,步骤(1)所述构建文库采用SCOPE进行;
优选地,步骤(1)所述测序采用Illumina进行。
8.根据权利要求6或7所述的方法,其特征在于,步骤(2)所述聚类运算包括SNN模型。
9.根据权利要求6-8任一项所述的方法,其特征在于,步骤(4)所述细胞亚型差异包括细胞亚型种类差异、细胞亚型基因表达差异或细胞亚型比例差异中的任意一种或至少两种的组合。
10.一种如权利要求3-5任一项所述的装置在制备疾病筛查试剂盒、疾病诊断试剂盒或疾病治疗药物中的应用;
优选地,所述疾病包括血液肿瘤和/或实体瘤;
优选地,所述血液肿瘤包括白血病、多发性骨髓瘤、恶性淋巴瘤、骨髓增生异常综合征、骨髓增值性肿瘤或淋巴细胞系肿瘤中的任意一种或至少两种的组合;
优选地,所述实体瘤包括肺癌、肝癌、乳腺癌、肾母细胞瘤、神经胶质瘤、少突胶质细胞瘤、脑肿瘤、胶质母细胞瘤、黑色素瘤、鼻咽癌、间皮质瘤、胰岛细胞瘤、视网膜母细胞瘤、胰腺癌、胃癌、结直肠癌、膀胱癌、前列腺癌、睾丸癌、皮肤癌、子宫肌瘤、宫颈癌、卵巢癌或甲状腺癌中的任意一种或至少两种的组合。
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