[发明专利]复杂突变的检测方法及检测装置

权利要求书

1.一种复杂突变的检测方法，其特征在于，所述检测方法包括：

将目标区域的外显子测序数据与参考基因组比对，得到比对上的reads；

根据所述reads的cigar信息，判断所述reads是否包含插入或缺失，若包含，则提取所述reads的开始坐标，并根据所述开始坐标及所述cigar信息计算出所述reads的结束坐标；

根据所述reads的所述开始坐标和所述结束坐标，将所述reads对应的参考序列从所述参考基因组上截出；

将所述reads分别与所述参考序列进行再次比对，获得所述复杂突变的起始位置和终止位置；

将所述reads与所述参考序列进行再次比对，获得所述复杂突变的起始位置和终止位置包括：

根据各所述reads的所述cigar信息，将所述参考序列和所述reads划分为以下区域：插入区域、缺失区域、比对区域、soft-clip区域；

在不同区域根据各所述区域的特征，将所述reads与所述参考序列进行再比对，获取所述reads中包含的插入缺失突变和单碱基突变；

将所述插入缺失突变和所述单碱基突变进行整合处理，然后根据所述插入缺失突变及所述单碱基突变的坐标，获得所述复杂突变的所述起始位置和所述终止位置、所述复杂突变的参考序列及复杂突变序列，并根据所述复杂突变的参考序列和所述复杂突变序列的序列特征调整并确定所述复杂突变的起始位置和终止位置。

2.根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述检测方法还包括对所述复杂突变进行注释的步骤。

3.根据权利要求2所述的检测方法，其特征在于，对所述复杂突变进行注释的步骤包括：

根据所述复杂突变序列确定所述目标区域测得的cDNA的序列，根据所述测得的cDNA序列的长度能否被3整除，确定氨基酸是否发生了移码，如果移码，根据所述测得的cDNA的长度除以3之后的余数，删除所述测得的cDNA末尾的相应余数的碱基，

用所述测得cDNA序列与参考的cDNA序列从头部开始比较，确定所述测得的cDNA开始发生变异的起始位置；

将所述参考的cDNA序列与所述测得的cDNA序列从尾部开始比较，确定所述测得的cDNA发生变异的终止位置；

将所述测得的cDNA开始发生变异的起始位置与所述测得的cDNA发生变异的终止位置整合，得到所述复杂突变在cDNA水平上发生变异的起止位置。

4.根据权利要求2所述的检测方法，其特征在于，对所述复杂突变进行注释的步骤还包括：

用所述reads对应的氨基酸序列与所述参考序列对应的氨基酸序列从头开始比较，确定氨基酸改变开始的位置，继续从尾部开始进行比较，记录氨基酸改变结束的位置，从而获得所述复杂突变在氨基酸水平上发生变异的起止位置。

5.根据权利要求4所述的检测方法，其特征在于，所述reads对应的氨基酸序列为发生移码突变的氨基酸序列，则采用发生移码后的cDNA序列确定的氨基酸序列与所述参考序列对应的氨基酸序列从头开始比较。

6.根据权利要求5所述的检测方法，其特征在于，在所述从头开始比较的步骤中，如果所述reads的氨基序列发生移码，则标明氨基酸开始发生突变的位置和发生移码的标记“fs”。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的检测方法，其特征在于，在得到比对上的reads之后，以及根据所述reads的cigar信息，判断所述reads是否包含插入或缺失之前，所述检测方法还包括：

从所述比对上的reads中去除比对到的重复序列和比对到多个位置上的序列，得到具有唯一比对位置的reads。