[发明专利]一种鲍曼不动杆菌分子血清型快速分析方法

权利要求书

1.一种鲍曼不动杆菌分子血清型快速分析方法，其特征在于，步骤如下：

1）BauTYPE数据库构建

从公共数据库中下载鲍曼不动杆菌的基因组数据，并将基因组数据进行质控和过滤，

提取鲍曼不动杆菌分子血清型基因座： O基因座（OCL）和K基因座（KL）；

2）分子血清型分析判别

上传待分析的鲍曼不动杆菌的基因组序列，与所述的BauTYPE数据库进行比对分型；

首先，利用BLASTN程序将组装好的基因组序列与鲍曼不动杆菌分子血清型数据库进行比对，寻找每个参考基因座的匹配片段；

其次，基于比对覆盖率和一致性，获得最佳匹配基因座并得到对应的查询基因组的比对片段序列信息；

然后，使用tBLASTn搜索所有基因座的蛋白基因，得到匹配基因并将其分为最佳匹配基因座基因和非最佳匹配基因座基因；

最后，根据最佳匹配基因座的比对片段信息进行可视化展示，包括基因座类型、覆盖范围、一致性和匹配的基因。

2.根据权利要求1所述的一种鲍曼不动杆菌分子血清型快速分析方法，其特征在于，

所述的质控和过滤包括去冗余处理及二次鉴定，排除公共数据库中存在的错标、污染的基因组数据。

3.根据权利要求1所述的一种鲍曼不动杆菌分子血清型快速分析方法，其特征在于，3）新候选分子血清型的判别：

在步骤2）分子血清型分析判别后，出现在一条序列上且丢失或者增加一个或多个基因的，确定为新型血清型，进一步对不一致的片段进行其他基因座基因、NT和NR数据库的比对和注释。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的步骤1）提取鲍曼不动杆菌分子血清型基因座方法如下：利用CLC Genomics Workbench 12.0，从所下载的鲍曼不动杆菌菌株的基因组数据中获取O基因座和K基因座，并存入BauTYPE数据库。