[发明专利]构建mRNA链特异文库的方法及试剂盒有效
申请号: | 201911223474.1 | 申请日: | 2019-12-03 |
公开(公告)号: | CN110846724B | 公开(公告)日: | 2023-04-28 |
发明(设计)人: | 卢超;刘江辉;马焕班;吕艳花;赖国荣 | 申请(专利权)人: | 江西海普洛斯医学检验实验室有限公司 |
主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06 |
代理公司: | 深圳舍穆专利代理事务所(特殊普通合伙) 44398 | 代理人: | 黄贤炬 |
地址: | 334000 江西省上饶*** | 国省代码: | 江西;36 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 构建 mrna 特异 文库 方法 试剂盒 | ||
1.一种构建mRNA链特异文库的方法,其特征在于:
包括:
准备mRNA片段、放线菌素D、具有RNA酶抑制剂和逆转录酶的第一混合酶液和具有第一dNTP的第一缓冲液并进行混合作为第一反应体系,并且使所述第一反应体系进行第一热处理,在所述第一热处理中,以mRNA片段为模板合成cDNA第一链,获得第一反应液,其中,所述逆转录酶为核糖核酸酶H活性缺失的MMLV逆转录酶,所述第一dNTP为dATP、dTTP、dCTP和dGTP的混合物,所述mRNA片段经片段化处理,并且所述片段化处理于片段化缓冲液与mRNA样本混合成的片段化反应体系中进行,所述片段化缓冲液包括Tris-HCl、镁离子和随机六聚体引物,在所述片段化反应体系中,所述镁离子的工作浓度为0.3mM至1.0mM;
将所述第一反应液与具有DNA 聚合酶I、核糖核酸酶H、T4 DNA聚合酶、T4多聚核苷酸激酶、Taq-B DNA聚合酶和Klenow片段的第二混合酶液、以及具有第二dNTP的第二缓冲液进行混合作为第二反应体系,并且使所述第二反应体系进行第二热处理,在所述第二热处理中,以cDNA第一链为模板合成含尿嘧啶的cDNA第二链,接着对由所述cDNA第一链和所述cDNA第二链组成的cDNA进行末端修复和末端加A,形成第二反应液,其中,所述Klenow片段缺乏5'端至3'端的缺口平移用的核酸酶活性和3'端至5'端的校正用的核酸酶活性,所述第二dNTP为dATP、dUTP、dCTP和dGTP的混合物;
将所述第二反应液与T4 DNA连接酶、具有二甲基亚砜的第三缓冲液和Y字型接头进行混合作为第三反应体系,并且使所述第三反应体系进行第三热处理,在所述第三热处理中,使cDNA与Y字型接头连接,在所述第三热处理之后,进行纯化而获得第三反应液;并且
在所述第三反应液中添加具有扩增酶的预混液、扩增引物和尿嘧啶DNA糖基酶混合作为第四反应体系,并且使所述第四反应体系进行第四热处理,在所述第四热处理中,使含尿嘧啶的cDNA第二链降解,接着以cDNA第一链为模板进行扩增反应,在所述第四热处理之后,进行纯化而获得mRNA链特异文库。
2.如权利要求1所述的方法,其特征在于:
在所述第一反应体系中,所述放线菌素D的工作浓度为0.01g/L至0.05g/L,所述MMLV逆转录酶的工作浓度为8 U/μL至12U/μL,所述RNA酶抑制剂的工作浓度为1.0 U/μL至1.5U/μL。
3.如权利要求1所述的方法,其特征在于:
在所述第二反应体系中,所述DNA 聚合酶I的工作浓度为0.6 U/μL至1U/μL,所述糖核酸酶H的工作浓度为0.1 U/μL至0.2U/μL,所述T4 DNA聚合酶的工作浓度为0.05 U/μL至0.1U/μL,所述T4多聚核苷酸激酶的工作浓度为0.3 U/μL至0.5U/μL,所述Taq-B DNA聚合酶的工作浓度为0.04 U/μL至0.08U/μL,所述Klenow片段的工作浓度为0.08 U/μL至0.12U/μL。
4.如权利要求1或2所述的方法,其特征在于:
所述第一缓冲液还包括Tris-HCl、氯化镁、氯化钾和二硫苏糖醇,
在所述第一反应体系中,所述第一dNTP的工作浓度为0.3mM至0.7mM,所述Tris-HCl的工作浓度为0.03M至0.06M,所述氯化镁的工作浓度为2.0mM至2.5mM,所述氯化钾的工作浓度为0.03M至0.08M,所述二硫苏糖醇的工作浓度为6mM至10mM。
5.如权利要求1或3所述的方法,其特征在于:
所述第二缓冲液还包括Tris-HCl、氯化镁、氯化钠、二硫苏糖醇、dATP和ATP;
在所述第二反应体系中,所述第二dNTP的工作浓度为0.3mM至0.6mM,所述Tris-HCl的工作浓度为6mM至10mM,所述氯化镁的工作浓度为0.2mM至0.5mM,所述氯化钠的工作浓度为0.03M至0.06M,所述二硫苏糖醇的工作浓度为3mM至6mM,所述dATP的工作浓度为1.2mM至1.4mM,所述ATP的工作浓度为0.7mM至1mM。
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