[发明专利]基于数字PCR无创产前检测胎儿21、18、13三体综合征的方法及试剂盒在审

专利信息
申请号: 201911265644.2 申请日: 2019-12-11
公开(公告)号: CN110951857A 公开(公告)日: 2020-04-03
发明(设计)人: 梁军;景奉香;吴东平 申请(专利权)人: 上海小海龟科技有限公司
主分类号: C12Q1/6883 分类号: C12Q1/6883;C12Q1/686;C12N15/11
代理公司: 上海晨皓知识产权代理事务所(普通合伙) 31260 代理人: 成丽杰
地址: 200439 上海市宝山区一*** 国省代码: 上海;31
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摘要:
搜索关键词: 基于 数字 pcr 产前 检测 胎儿 21 18 13 综合征 方法 试剂盒
【权利要求书】:

1.一种基于数字PCR无创产前检测胎儿21、18、13三体综合征的方法,其特征在于,包括如下步骤:

(1)从待测样本孕妇外周血中获得游离DNA,作为待测基因组DNA;

(2)选择人类第21号、第18号和第13号染色体的检测位点,分别设计用于扩增和检测目标染色体的特异性引物和Taqman探针;选择人类第8号、第2号染色体的检测位点,分别设计用于扩增和检测参照染色体的特异性引物和Taqman探针;

其中,所述用于扩增和检测目标染色体的特异性引物和Taqman探针的核苷酸序列如SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:36所示;所述用于扩增和检测参照染色体的特异性引物和Taqman探针的核苷酸序列如SEQ ID NO:37~SEQ ID NO:48所示;

(3)配制数字PCR扩增反应体系,以步骤(1)所述的待测基因组DNA为模板,利用步骤(2)所述的特异性引物和Taqman探针进行数字PCR扩增和检测;

(4)根据数字PCR的荧光信号,分别得到待测样本的第21号染色体的拷贝数a21、第18号染色体的拷贝数a18、第13号染色体的拷贝数a13和参照染色体的拷贝数b;

其中,参照染色体的拷贝数b为待测样本的第2号染色体的拷贝数b2和第8号染色体的拷贝数b8的平均值;

(5)分别计算待测样本第21号染色体的拷贝数a21、第18号染色体的拷贝数a18、第13号染色体的拷贝数a13占该样本参照染色体的拷贝数b的百分比y21、y18和y13

(6)分别计算待测样本的第21号、第18号和第13号染色体的Z-score:(Z-score)21=(y21-m)/σm;(Z-score)18=(y18-n)/σn;(Z-score)13=(y13-p)/σp;其中,

m为三体综合征阴性样本的第21号染色体的拷贝数a21占该样本参照染色体的拷贝数b的百分比的平均值;

n为三体综合征阴性样本的第18号染色体的拷贝数a18占该样本参照染色体的拷贝数b的百分比的平均值;

p为三体综合征阴性样本的第13号染色体的拷贝数a13占该样本参照染色体的拷贝数b的百分比的平均值;

σm为三体综合征阴性样本的第21号染色体的拷贝数a21占该样本参照染色体的拷贝数b的百分比的标准差;

σn为三体综合征阴性样本的第18号染色体的拷贝数a18占该样本参照染色体的拷贝数b的百分比的标准差;

σp为三体综合征阴性样本的第13号染色体的拷贝数a13占该样本参照染色体的拷贝数b的百分比的标准差;

(7)根据待测样本的第21号、第18号和第13号染色体的Z-score值分别判断待测样本的第21号染色体、第18号染色体或第13号染色体的数目是否存在异常。

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