[发明专利]山羊ZBP1基因3′UTR内与产羔数关联的单倍型标记及其应用

权利要求书

1.一种山羊ZBP1基因3'UTR内的单倍型标记在麻城黑山羊的总产羔数和头胎产羔数以及在波尔山羊的头胎产羔数辅助选择中的应用，其特征在于，所述的单倍型标记位于山羊ZBP1基因3'UTR的部分DNA序列中，所述单倍型标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，该序列长度为357bp；所述单倍型标记为：

ZBP1 g.9734AG位点的分子标记：即在SEQ ID NO.1所示序列中第92bp处存在一处AG碱基突变，表现为AA、GA或GG三种基因型，其中A为优势等位基因；和

ZBP1 g.9772TC位点的分子标记：即在SEQ ID NO.1所示序列中第130bp处存在一处TC碱基突变，表现为CC、CT或TT三种基因型，其中T为优势等位基因；

其中，ZBP1 g.9734AG位点在麻城黑山羊群体中与总产羔数具有统计学关联；ZBP1g.9772TC位点在波尔山羊群体中与头胎产羔数具有统计学关联，ZBP1 g.9772TC位点在麻城黑山羊群体中与头胎产羔数和总产羔数具有统计学关联。

2.一种山羊ZBP1基因3'UTR区SNP位点的检测试剂盒在麻城黑山羊的总产羔数和头胎产羔数以及在波尔山羊的头胎产羔数辅助选择中的应用，其特征在于，所述试剂盒包括：

用于扩增SEQ ID NO.1所示序列的引物对：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；

以及2个SNaPshot单碱基延伸引物：用于检测ZBP1 g.9734AG位点的延伸引物如SEQID NO.4所示，和用于检测ZBP1 g.9772TC位点的延伸引物如SEQ ID NO.5所示；

其中，ZBP1 g.9734AG位点在SEQ ID NO.1所示序列中第92bp处存在一处AG碱基突变，ZBP1 g.9772TC位点在SEQ ID NO.1所示序列中第130bp处存在一处TC碱基突变；

其中，ZBP1 g.9734AG位点在麻城黑山羊群体中与总产羔数具有统计学关联；ZBP1g.9772TC位点在波尔山羊群体中与头胎产羔数具有统计学关联，ZBP1 g.9772TC位点在麻城黑山羊群体中与头胎产羔数和总产羔数具有统计学关联。

3.一种使用权利要求2所述的试剂盒检测山羊ZBP1基因3’UTR区与山羊产羔数性状相关SNP的方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤1、以从待测样本中提取的基因组DNA为模板，采用所述SEQ ID NO.2～3所示引物对构建PCR扩增体系进行PCR扩增，并对PCR产物进行纯化处理，得到纯化PCR产物；

步骤2、以所述的纯化PCR产物为模版，采用所述SEQ ID NO.4～5所示SNaPshot单碱基延伸引物构建SNaPshot反应体系进行单碱基延伸反应，并对反应制备的单碱基延伸产物进行纯化处理，得到纯化单碱基延伸产物；

步骤3、使用遗传学分析仪检测所述的纯化单碱基延伸产物，并使用基因分析软件对结果进行分析。

4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增条件为：95℃预变性4min；95℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸10s，35个循环；72℃延伸5min。

5.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述步骤2中所述的纯化PCR产物为经SAP和ExoI酶处理后PCR产物；PCR扩增条件为96℃变性10s，50℃退火5s，60℃延伸30s，25个循环。