[发明专利]与黄瓜开花时间性状相关的分子标记

说明书

本发明提供了一种与黄瓜开花时间性状相关的分子标记，涉及生物育种的技术领域。与黄瓜开花时间性状相关的分子标记，包括Csa1G651710基因上游区域的short‑1、short‑2和long三种DNA序列。本发明还公开了鉴定或辅助鉴定黄瓜开花时间性状的方法，鉴定黄瓜的基因组中是否包含所述的short‑1、short‑2或long三种DNA序列中的一种或多种。所述的分子标记和鉴定方法可以在黄瓜发育早期，通过利用所述的分子标记对样品DNA进行鉴定确定黄瓜开花时间的早晚表型，大大的节约时间成本和人力物力成本，促进了黄瓜早开花或者晚开花品种的选育进程，提高育种效率。

技术领域

本发明涉及生物育种的技术领域，具体涉及一种与黄瓜开花时间性状相关的分子标记。

背景技术

黄瓜是世界上重要的蔬菜作物，是中国保护地栽培中第二大蔬菜作物，其生育期在商业化生产中非常重要。开花时间是植物从营养生长转向生殖生长的重要节点，是决定生育期的一个重要性状，受到外界环境和内源基因的共同调节。黄瓜早开花性状是影响黄瓜早熟性的重要性状之一，而早熟性直接影响早期产量，决定着保护地栽培中黄瓜生产早期的经济效益。同时，早开花早熟黄瓜品种缩短了生育期，可以在一定程度上节约生育期内的用水总量，在秋季茬口早熟还有利于避免低温带来的生产损害，所以早开花(早熟)的性状利于干旱和寒冷地区的黄瓜生产。在某种适宜生长的环境下(例如在热带或者亚热带地区)，晚开花的黄瓜种质虽然生育期较长，但是植株健壮，后期的黄瓜产量也较高。黄瓜的开花时间是一个重要的农艺性状。

在育种的过程中，对不同黄瓜材料的开花时间的筛选，往往需要将黄瓜材料进行种植，并在成株期观察开花时间，才能够确定该黄瓜材料的开花时间早晚的表型。这种传统方式的鉴定，具有严重的滞后性，耗费大量的时间，也消耗了大量的人力和物力，影响了黄瓜育种效率。

发明内容

有鉴于此，本发明致力于提供一种黄瓜开花时间性状相关的分子标记，可以在黄瓜发育早期，通过利用所述的分子标记对样品DNA进行鉴定确定黄瓜开花时间的早晚表型，大大的节约时间成本和人力物力成本，促进了黄瓜早开花或者晚开花品种的选育进程，提高育种效率。

本发明一方面提供了一种与黄瓜开花时间性状相关的分子标记，包括Csa1G651710基因上游区域的short-1、short-2和long三种DNA序列。

Csa1G651710基因是拟南芥成花素基因Flowering Locus T(拟南芥中该成花素基因具有调节开花时间的功能)的直系同源基因，两者的CDS序列一致性约为74％，氨基酸序列的一致性约为78％。Csa1G651710基因的表达情况与黄瓜开花时间的早晚密切相关，Csa1G651710基因在早开花黄瓜中的表达量显著的高于晚开花黄瓜。

本发明通过分析大量的黄瓜种质，发现位于黄瓜基因组1号染色体Csa1G651710基因上游约16.5kb-28.7kb处，物理区间为25,870,000-25,890,000中存在short-1、short-2和long三种DNA序列。

本发明中Csa1G651710基因上游区域的三种DNA序列(short-1、short-2和long)的位置是基于黄瓜9930参考基因组序列V2版本(http://cucurbitgenomics.org)确定的，本发明中所述的基因Csa1G651710也是基于黄瓜9930参考基因组序列V2版本(http://cucurbitgenomics.org)确定的。

分子标记是指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA序列。与含有long分子标记的黄瓜基因组相比，short-1分子标记为Csa1G651710基因上游约16.5kb处缺失了约39.9kb的核苷酸序列，short-2分子标记为Csa1G651710基因上游约28.7kb处缺失了约16.2kb的核苷酸序列。

通过大量的黄瓜种质重测序数据分析，还基于结构变异断裂位点的位置，分析获得了short-1、short-2和long三种分子标记的的核心保守序列。