[发明专利]代谢路径预测方法、装置、终端设备及可读存储介质有效
申请号: | 201911287003.7 | 申请日: | 2019-12-14 |
公开(公告)号: | CN111128307B | 公开(公告)日: | 2023-05-12 |
发明(设计)人: | 纪超杰;吴红艳;李烨;蔡云鹏 | 申请(专利权)人: | 中国科学院深圳先进技术研究院 |
主分类号: | G16B40/00 | 分类号: | G16B40/00;G16B5/00 |
代理公司: | 深圳中一联合知识产权代理有限公司 44414 | 代理人: | 李娟 |
地址: | 518000 广东省深圳*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 代谢 路径 预测 方法 装置 终端设备 可读 存储 介质 | ||
1.一种代谢路径预测方法,其特征在于,所述方法包括:
确定反应规则对应的终止节点,所述终止节点是反应规则网络中,反应物通过发生所述反应规则所指示的代谢反应得到代谢产物的节点,所述反应规则网络包括多个节点,每个所述节点对应一个反应规则;
根据所述终止节点与各个上级节点之间的游走概率,确定多个目标节点,各个所述上级节点均与所述终止节点连接;
根据所述终止节点和多个所述目标节点,生成所述代谢产物的代谢路径;
多个所述目标节点包括中间节点和初始节点;
所述根据所述终止节点与各个上级节点之间的游走概率,确定多个目标节点,包括:
对于每个所述中间节点和所述终止节点中的每个节点,确定与所述节点相连接的至少一个上级节点;
根据每个所述上级节点对应的反应规则、所述节点对应的反应规则和所述反应规则网络中每个节点的反应参数进行计算,得到所述节点与各个所述上级节点之间的游走概率;
在多个所述游走概率中,选取参数值最大的游走概率所对应的上级节点作为一个所述目标节点;
获取所述目标节点的反应参数;
若所述目标节点的反应参数满足预先设置的反应条件,将所述目标节点作为所述初始节点,否则,将所述目标节点作为所述中间节点;
所述根据每个所述上级节点对应的反应规则、所述节点对应的反应规则和所述反应规则网络中每个节点的反应参数进行计算,得到所述节点与各个所述上级节点之间的游走概率,包括:
将每个所述上级节点对应的反应规则和所述节点对应的反应规则均转换为独热编码;
根据所述独热编码和所述反应规则网络中每个节点的反应参数进行计算,得到所述节点与各个所述上级节点之间的游走概率;
所述根据所述独热编码和所述反应规则网络中每个节点的反应参数进行计算,得到所述节点与各个所述上级节点之间的游走概率,包括:
对于每个所述上级节点,根据所述节点的独热编码、所述上级节点对应的独热编码、以及所述反应规则网络中每个节点的反应参数进行计算,获取所述节点的概率特征表示和所述上级节点的概率特征表示;
根据所述节点的概率特征表示、所述上级节点的概率特征表示、所述节点对应的独热编码和所述上级节点对应的独热编码进行计算,得到所述节点与所述上级节点之间的边的特征表示;
根据所述节点与每个所述上级节点之间的边的特征表示进行计算,得到所述节点与每个所述上级节点之间的游走概率。
2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述反应规则包括:反应增加结构和反应移除结构;
所述将每个所述上级节点对应的反应规则和所述节点对应的反应规则均转换为独热编码,包括:
对每个所述上级节点对应的反应规则的反应增加结构和反应移除结构分别进行转换,得到上级反应增加独热编码和上级反应移除独热编码;
对所述节点对应的反应规则中的反应增加结构和反应移除结构分别进行转换,得到当前反应增加独热编码和当前反应移除独热编码。
3.如权利要求1或2所述的方法,其特征在于,在所述确定反应规则对应的终止节点之前,所述方法还包括:
根据所述代谢产物,确定至少一个备选反应规则;
根据每个所述备选反应规则在所述反应规则网络中对应的备选节点的反应参数,选取所述反应规则。
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