[发明专利]基于二代测序的石蜡切片样本体细胞突变检测方法和装置

权利要求书

1.基于二代测序的石蜡切片样本体细胞突变检测方法，其特征在于，包括如下步骤：

获取正常组织石蜡切片样本的测序结果，将所述测序结果与人类参考基因组比对，所得比对数据构建正常组织石蜡切片样本的正常样本变异位点集；

分别获取同一组织来源的新鲜肿瘤冷冻组织样本、肿瘤组织石蜡切片样本和正常组织样本的测序结果，基于测序结果，在不同过滤参数下检测新鲜肿瘤冷冻组织样本的体细胞突变和肿瘤组织石蜡切片样本的体细胞突变；

对比所述新鲜肿瘤冷冻组织样本体细胞突变和肿瘤组织石蜡切片样本体细胞突变的一致性，获取最高一致性时的过滤参数作为过滤阈值；

分别获取待测肿瘤组织石蜡切片样本及其配对正常组织样本的测序结果，基于测序结果检测待测肿瘤组织石蜡切片样本的体细胞突变，得到原始变异结果；

过滤所述原始变异结果中与正常样本变异位点集重合的位点，得到第一体细胞突变结果；

过滤所述第一体细胞突变结果中未达到所述过滤阈值的体细胞突变位点，得到第二体细胞突变结果；

过滤所述第二体细胞突变结果中生殖细胞突变和高频突变位点，即得待测肿瘤组织石蜡切片样本的体细胞突变结果；

所述过滤参数包括体细胞变异位点的测序深度总和、变异等位基因频率、链偏好性、Read朝向偏好性、测序质量值、胚系突变干扰值、污染物干扰值、碱基质量值中位数、平均比对质量值、片段长度中位数、reads末端距离中位数、假阳性优势对数、覆盖reads总数、位点杂合纯合性优势对数、短片段重复次数、链偏好质量值、聚合酶滑动质量值中的一种或两种以上；针对所述过滤参数设定阈值。

2.根据权利要求1所述的体细胞突变检测方法，其特征在于，所述链偏好性的计算公式为：链偏好性＝正向读长深度/所有读长深度；

所述Read朝向偏好性的计算公式为：

其中，SOB表示Read朝向偏好性；

#of F1R2_alt表示和参考基因组方向互补且携带突变位点的reads总数；

#of F2R1_alt表示和参考基因组方向相同且携带突变位点的reads总数。

3.根据权利要求1所述的体细胞突变检测方法，其特征在于，根据属性约减法，选择最优三种所述过滤参数组合。

4.根据权利要求1所述的体细胞突变检测方法，其特征在于，采用统计学方法获取所述过滤阈值；

所述统计学方法包括Kappa一致性检验、卡方检验、配对t检验和相关系数中的任一种方法。

5.根据权利要求1所述的体细胞突变检测方法，其特征在于，所述配对正常组织样本与待测肿瘤组织石蜡切片样本来源于同一个体；

所述配对正常组织样本包括外周血、癌旁组织和新鲜组织中的一种或两种以上。

6.根据权利要求1所述的体细胞突变检测方法，其特征在于，使用生殖细胞突变和高频突变的先验数据库过滤所述生殖细胞突变和高频突变位点；

所述体细胞突变位点在任一生殖细胞突变和高频突变的先验数据库中，则进行过滤。

7.根据权利要求6所述的体细胞突变检测方法，其特征在于，根据属性约减法，选择生殖细胞突变和高频突变的先验数据库中的任意三种数据库。

8.根据权利要求7所述的体细胞突变检测方法，其特征在于，所述数据库为dbSNP、1000Genomes Project和ExAC。

9.根据权利要求1所述的体细胞突变检测方法，其特征在于，所述正常组织石蜡切片样本的测序结果在与参考基因组比对前，包括质控步骤：

所述测序结果去除测序接头序列、低质量序列和N碱基组成的序列，得到过滤数据；

对所述过滤数据去接头后的碱基数、碱基质量大于20的百分比、碱基质量大于30的百分比、GC含量、GC-AT分离比、N含量、平均读长长度、读长分布标准差、平均碱基质量和可用数据比例进行筛选，选择符合设定阈值的测序数据进行对比。