[发明专利]基于纳米孔测序平台的泌尿宏基因组样本建库和检测方法有效
申请号: | 201911297880.2 | 申请日: | 2019-12-13 |
公开(公告)号: | CN111304285B | 公开(公告)日: | 2020-09-29 |
发明(设计)人: | 杨帆;吴苏生;郭晓东;赵成娜;胡龙;李杜衡;涂浩波;任用 | 申请(专利权)人: | 北京先声医学检验实验室有限公司;江苏先声医学诊断有限公司;南京先声医学检验有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C12Q1/6869;C40B50/06 |
代理公司: | 北京超凡宏宇专利代理事务所(特殊普通合伙) 11463 | 代理人: | 徐乐 |
地址: | 100000 北京市海淀区*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 纳米 孔测序 平台 泌尿 宏基 样本 检测 方法 | ||
1.一种基于纳米孔测序平台的泌尿宏基因组样本的建库方法,其特征在于,将待检测样本依次经去宿主和提取基因组后进行标记,得到的带标记模板再PCR扩增进行建库;
所述PCR扩增的反应体系中含有4%(v/v)的二甲基亚砜;
所述PCR扩增的反应程序促进高GC含量模板的解旋和延伸;
所述PCR扩增的反应体系中还包括带标记模板、扩增通用引物、DNA聚合酶和缓冲液;
所述DNA聚合酶为LongAmp Taq DNA聚合酶;
所述带标记模板的浓度为0.002-0.02ng/μl;
所述PCR扩增的反应程序包括:
2.根据权利要求1所述的建库方法,其特征在于,所述去宿主依次包括游离宿主DNA、降解宿主DNA和去除宿主DNA。
3.根据权利要求2所述的建库方法,其特征在于,所述游离宿主DNA包括待检测样本用0.1-0.5%(w/v)的皂苷处理5-15min。
4.根据权利要求2所述的建库方法,其特征在于,所述降解宿主DNA包括待检测样本经游离宿主DNA后,用0.3-1%(v/v)HL-SAN处理10-20min。
5.根据权利要求1所述的建库方法,其特征在于,所述标记包括将依次经去宿主和提取基因组后的待检测样本与FRM孵育反应。
6.根据权利要求5所述的建库方法,其特征在于,所述孵育反应的程序包括:先29-31℃反应0.5-1.5min,再79-81℃反应0.5-1.5min,最后11-13℃保存。
7.根据权利要求6所述的建库方法,其特征在于,所述孵育反应的程序包括:先30℃反应1min,再80℃反应1min,最后12℃保存。
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