[发明专利]基于纳米孔测序平台的泌尿宏基因组样本建库和检测方法有效

专利信息
申请号: 201911297880.2 申请日: 2019-12-13
公开(公告)号: CN111304285B 公开(公告)日: 2020-09-29
发明(设计)人: 杨帆;吴苏生;郭晓东;赵成娜;胡龙;李杜衡;涂浩波;任用 申请(专利权)人: 北京先声医学检验实验室有限公司;江苏先声医学诊断有限公司;南京先声医学检验有限公司
主分类号: C12Q1/6806 分类号: C12Q1/6806;C12Q1/6869;C40B50/06
代理公司: 北京超凡宏宇专利代理事务所(特殊普通合伙) 11463 代理人: 徐乐
地址: 100000 北京市海淀区*** 国省代码: 北京;11
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摘要:
搜索关键词: 基于 纳米 孔测序 平台 泌尿 宏基 样本 检测 方法
【权利要求书】:

1.一种基于纳米孔测序平台的泌尿宏基因组样本的建库方法,其特征在于,将待检测样本依次经去宿主和提取基因组后进行标记,得到的带标记模板再PCR扩增进行建库;

所述PCR扩增的反应体系中含有4%(v/v)的二甲基亚砜;

所述PCR扩增的反应程序促进高GC含量模板的解旋和延伸;

所述PCR扩增的反应体系中还包括带标记模板、扩增通用引物、DNA聚合酶和缓冲液;

所述DNA聚合酶为LongAmp Taq DNA聚合酶;

所述带标记模板的浓度为0.002-0.02ng/μl;

所述PCR扩增的反应程序包括:

2.根据权利要求1所述的建库方法,其特征在于,所述去宿主依次包括游离宿主DNA、降解宿主DNA和去除宿主DNA。

3.根据权利要求2所述的建库方法,其特征在于,所述游离宿主DNA包括待检测样本用0.1-0.5%(w/v)的皂苷处理5-15min。

4.根据权利要求2所述的建库方法,其特征在于,所述降解宿主DNA包括待检测样本经游离宿主DNA后,用0.3-1%(v/v)HL-SAN处理10-20min。

5.根据权利要求1所述的建库方法,其特征在于,所述标记包括将依次经去宿主和提取基因组后的待检测样本与FRM孵育反应。

6.根据权利要求5所述的建库方法,其特征在于,所述孵育反应的程序包括:先29-31℃反应0.5-1.5min,再79-81℃反应0.5-1.5min,最后11-13℃保存。

7.根据权利要求6所述的建库方法,其特征在于,所述孵育反应的程序包括:先30℃反应1min,再80℃反应1min,最后12℃保存。

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