[发明专利]用于检测白细胞介素-3基因多态性的探针、引物及试剂盒

说明书

本发明提供了一种用于检测白细胞介素‑3基因多态性的探针，该探针的序列如SEQ ID NO.:1所示，或者在SEQ ID NO.:1的序列两端加以基团修饰。本发明还提供了一种用于检测白细胞介素‑3基因多态性的引物，该引物的序列如SEQ ID NO.:2（引物1）和SEQ ID NO.:3（引物2）所示。本发明的用于检测白细胞介素‑3基因多态性的探针和引物，在检测白细胞介素‑3基因多态性时，具有灵敏度高、特异性好、快速、高通量检测等优点。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，具体的说涉及用于检测白细胞介素-3基因多态性的探针、引物及试剂盒。

背景技术

白细胞介素-3（interleukin-3，IL-3），又叫多集落刺激因子（multi-CSF），是白细胞介素家族重要成员之一，主要由激活了的T细胞、巨噬细胞和骨髓基质干细胞产生，通过与其受体——IL-3R结合，在机体的造血调节和免疫调节中发挥重要作用。该基因不但与骨髓功能衰竭等造血细胞疾病相关，而且与多种炎症也相关，如类风湿性关节炎、青少年型皮肤炎等，甚至与精神分裂症也有关系。此基因多态性可能影响个体对炎症的反应，进而影响相关疾病的遗传易感性。因此针对IL3基因多态性检测可作为病情、治疗效果以及预后的评估指标，具有较重要的意义。

目前普遍应用的突变检测方法为DNA直接测序法，PCR产物直接进行DNA序列分析，可以明确突变位点，但存在费时费力，成本较昂贵，不适用于对大量样本进行检测等缺点。因此，需要开发一种适合大批量样本检测的方法。

发明内容

本发明的目的首先在于提供一种用于检测白细胞介素-3基因多态性的探针，该探针的序列如SEQ ID NO.:1所示，或者在SEQ ID NO.:1的序列两端加以基团修饰；

其中修饰基团为：5′的修饰基团为荧光基团，如ROX；3′的修饰基团为淬灭基团，如BHQ2；

具体的说，本发明提供的用于检测白细胞介素-3基因多态性的探针为：5′-ROX-CCAAGGCGGGAGGNTGTTGCCAACTCTTGG-BHQ2-3′；

其中N为变异碱基，具体为CT；

所述的探针包括环序列和茎序列，其中环序列为第6~26bp（5′-GCGGGAGGNTGTTGCCAACT-3′），其两侧是两个反向互补的茎序列，茎序列为（5′-CCAAG……CTTGG-3）。

该探针的设计原理为：根据IL3基因多态性rs31480，设计探针和引物，需要保证在退火温度下DNA模板不存在时，探针呈茎环状态。探针所采用的淬灭基团为BHQ2，其淬灭空间范围很小，搭配短发射波长的荧光基团，如ROX，只有当分子信标呈茎环结构时，荧光才会被很好地淬灭。环序列与靶DNA序列互补时，确定最佳PCR引物为40-45bp大小，PCR产物长度100-180bp。

本发明还提供了一种用于检测白细胞介素-3基因多态性的引物，该引物的序列如SEQ ID NO.:2（引物1）和SEQ ID NO.:3（引物2）所示：

引物1 5′- AGGTGACACTATAGAATATGTGGTTTTCTATGGAGGTTCC -3′

引物2 5′- GCAAGCCCTCACGTAGCGAACTGTCTTGTTCTGGTCCTTCG -3′。

本发明还提供了一种用于检测白细胞介素-3基因多态性的试剂盒，该试剂盒包含如上所述的探针和/或引物；

该试剂盒还包含还有Taq酶、dNTP、和/或Mg2+，以及使用说明书。

本发明还提供一种了用于检测白细胞介素-3基因多态性的方法该方法包括如下步骤：

（1）采集样本，抽提DNA；

（2）应用上述探针和引物进行荧光定量PCR反应；