[发明专利]一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码及其鉴别方法和应用

说明书

本发明提供了一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码及其鉴别方法和应用，属于分子生物学技术领域，本发明所述中颌棱鳀的DNA条形码序列如SEQ ID No.1所示；所述赤鼻棱鳀的DNA条形码序列如SEQ ID No.2所示。扩增所述的DNA条形码的引物，包括F295和R517；所述方法包括以下步骤：提取待鉴别样本的基因组DNA；用所述的引物扩增所述的待鉴别DNA；将扩增产物的序列与DNA条形码进行比对；确定待鉴别样本的种类。利用本发明提供的DNA条形码鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀结果稳定，可重复性强。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，尤其涉及一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码及其鉴别方法和应用。

背景技术

中颌棱鳀体侧扁，在腹鳍前后处的腹部位置有一排锐利的棱鳞：腹鳍前15～16个，腹鳍后10个，共约25～26个。头略小，侧扁。吻钝，吻长短于眼径。口大倾斜；上颌骨末端尖但短，仅达前鳃盖骨后缘；第一鳃弓下枝鳃耙数28～31。体被圆鳞，鳞中大，易脱落，无侧线；背鳍前方具1小棘，胸、腹鳍具腋鳞。背鳍起始于体中部，具12软条；臀鳍长，具28～34分枝之软条；尾鳍叉形。体背部青灰色，具暗灰色带，侧面银白色。背鳍、胸鳍及尾鳍黄色或淡黄色；腹鳍及臀鳍淡色。中颌棱鳀同赤鼻棱鳀一样，皆为海南省近海较常见鱼种。其肉质细腻鲜美，具有较高的食用价值。由于二者形态比较相似，且分布区存在一定重叠，仅凭借形态特征较难将两者区分，因此寻找区分中颌棱鳀和赤鼻棱鳀的可靠标准，从混杂的种质中鉴别、分离种质成为一个迫不及待的问题。目前用于鉴定中颌棱鳀的微型DNA条形码技术还没有见正式报道。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码及其鉴别方法和应用；采用微型DNA条形码将两种棱鳀进行鉴别，操作简单，易于掌握，准确性高；有助于解决种质混杂等问题，为种质保护、合理利用以及种质的生物多样性研究提供技术支撑。

为了实现上述发明目的，本发明提供了以下技术方案：

本发明提供了一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码，所述中颌棱鳀的DNA条形码序列如SEQ ID No.1所示；所述赤鼻棱鳀的DNA条形码序列如SEQ ID No.2所示。

本发明提供了扩增所述的DNA条形码的引物，包括F295和R517；所述F295的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示；所述R517的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示。

本发明提供了一种利用DNA条形码鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的方法，包括以下步骤：

1)提取待鉴别样本的基因组DNA获得待鉴别DNA；

2)用所述的引物扩增步骤1)中所述的待鉴别DNA获得扩增产物；

3)将所述扩增产物的序列与DNA条形码进行比对；如果所述扩增产物序列和中颌棱鳀的DNA条形码一致，则待鉴别样本为中颌棱鳀；如果所述扩增产物序列和赤鼻棱鳀的DNA条形码一致，则待鉴别样本为赤鼻棱鳀。

优选的，步骤2)中所述扩增的扩增体系以25.15μL计，包括以下组分：超纯水17.5μL，10×buffer 2.5μL，dNTPs 2μL，rTaq 0.15μL，待鉴别DNA 1μL，引物F295 1μL，引物R5171μL。

优选的，步骤2)中所述扩增的扩增程序如下：

94℃预变性3min；94℃变性20s，50℃退火20s，72℃延伸20s，38个循环；72℃延伸5min，4℃保存。

优选的，所述扩增产物的序列通过将扩增产物测序获得。

本发明提供了所述的鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码、扩增所述DNA条形码的引物在鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀中的应用。