[发明专利]基于纳米孔测序的泌尿宏基因组样本建库和检测方法有效
| 申请号： | 201911341615.X | 申请日： | 2019-12-23 |
| 公开（公告）号： | CN111304286B | 公开（公告）日： | 2020-12-18 |
| 发明（设计）人： | 杨帆;吴苏生;郭晓东;赵成娜;胡龙;李杜衡;涂浩波;任用 | 申请（专利权）人： | 北京先声医学检验实验室有限公司;江苏先声医学诊断有限公司;南京先声医学检验有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6806 | 分类号： | C12Q1/6806;C12Q1/6869 |
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| 地址： | 100089 北京市海淀区*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 基于 纳米 孔测序 泌尿 宏基 样本 检测 方法 | ||
1.一种尿液样本宏基因组的去宿主方法，其特征在于，所述去宿主方法包括：
尿液样本离心；
宿主DNA游离；
宿主DNA降解；
菌体收集；
所述宿主DNA游离步骤包括：用终浓度0.125%-0.22%(w/v)的Saponin游离宿主DNA10min；
所述宿主DNA降解步骤包括：用终浓度0.49%(v/v)的HL-SAN降解宿主DNA 15min。
2.权利要求1所述的尿液样本宏基因组的去宿主方法，其特征在于：
所述尿液样本离心步骤包括：取泌尿样本，12300g离心5min，弃上清，250ul PBS重悬沉淀，混匀；
所述宿主DNA游离步骤包括：加终浓度0.22%（w/v）的Saponin，室温10 min，加350 ul无菌水混匀，30s后加12ul 5M NaCl混匀；
所述宿主DNA降解步骤包括：10000g离心5min后，用PBS重悬，加终浓度0.49%（v/v）的HL-SAN混匀，37℃，1300rpm 孵育15min；
所述菌体收集步骤包括：800ul PBS重悬后，10000g离心3min，弃上清获得去宿主样本。
3.一种尿液样本宏基因组的测序方法，其特征在于，所述方法包括：
去宿主步骤；
核酸提取步骤；
PCR扩增建库步骤；
上机测序步骤；
所述去宿主为权利要求1-2任一所述的去宿主方法，
所述尿液样本宏基因组的测序方法为非疾病的诊断治疗方法。
4.权利要求3所述的尿液样本宏基因组的测序方法，其特征在于，所述PCR扩增建库步骤的反应体系中含有4%(v/v)的二甲基亚砜。
5.权利要求4所述的尿液样本宏基因组的测序方法，其特征在于，所述PCR扩增建库步骤的反应程序中预变性温度为96.5-97.5℃，预变性时间为2-4min，变性温度为96.5-97.5℃，变性时间为15-25s，延伸时间为5-7min。
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