[发明专利]基于纳米孔测序的泌尿宏基因组样本建库和检测方法有效
申请号: | 201911341615.X | 申请日: | 2019-12-23 |
公开(公告)号: | CN111304286B | 公开(公告)日: | 2020-12-18 |
发明(设计)人: | 杨帆;吴苏生;郭晓东;赵成娜;胡龙;李杜衡;涂浩波;任用 | 申请(专利权)人: | 北京先声医学检验实验室有限公司;江苏先声医学诊断有限公司;南京先声医学检验有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C12Q1/6869 |
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地址: | 100089 北京市海淀区*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 纳米 孔测序 泌尿 宏基 样本 检测 方法 | ||
1.一种尿液样本宏基因组的去宿主方法,其特征在于,所述去宿主方法包括:
尿液样本离心;
宿主DNA游离;
宿主DNA降解;
菌体收集;
所述宿主DNA游离步骤包括:用终浓度0.125%-0.22%(w/v)的Saponin游离宿主DNA10min;
所述宿主DNA降解步骤包括:用终浓度0.49%(v/v)的HL-SAN降解宿主DNA 15min。
2.权利要求1所述的尿液样本宏基因组的去宿主方法,其特征在于:
所述尿液样本离心步骤包括:取泌尿样本,12300g离心5min,弃上清,250ul PBS重悬沉淀,混匀;
所述宿主DNA游离步骤包括:加终浓度0.22%(w/v)的Saponin,室温10 min,加350 ul无菌水混匀,30s后加12ul 5M NaCl混匀;
所述宿主DNA降解步骤包括:10000g离心5min后,用PBS重悬,加终浓度0.49%(v/v)的HL-SAN混匀,37℃,1300rpm 孵育15min;
所述菌体收集步骤包括:800ul PBS重悬后,10000g离心3min,弃上清获得去宿主样本。
3.一种尿液样本宏基因组的测序方法,其特征在于,所述方法包括:
去宿主步骤;
核酸提取步骤;
PCR扩增建库步骤;
上机测序步骤;
所述去宿主为权利要求1-2任一所述的去宿主方法,
所述尿液样本宏基因组的测序方法为非疾病的诊断治疗方法。
4.权利要求3所述的尿液样本宏基因组的测序方法,其特征在于,所述PCR扩增建库步骤的反应体系中含有4%(v/v)的二甲基亚砜。
5.权利要求4所述的尿液样本宏基因组的测序方法,其特征在于,所述PCR扩增建库步骤的反应程序中预变性温度为96.5-97.5℃,预变性时间为2-4min,变性温度为96.5-97.5℃,变性时间为15-25s,延伸时间为5-7min。
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