[发明专利]西番莲内参基因及其筛选方法和应用

说明书

本发明提供一种西番莲内参基因及其筛选方法和应用，属于分子生物学领域。利用RNA‑Seq测序数据分析表达量高度、稳定的基因作为候选内参基因，根据西番莲基因的表达量值，选择了5个表达量高(FPKM≈850)的基因，并进行引物设计，然后在表型差异明显的西番莲品种的不同组织部位的mRNA中去验证，利用软件评估各个候选内参基因的表达稳定性，最终筛选出适宜的西番莲内参基因C21209。C21209在台农一号和黄金果2号的茎、叶、花和果实中都能稳定的表达。为后续西番莲基因表达相关的科学研究提供了参考。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，具体涉及西番莲内参基因及其筛选方法和应用。

背景技术

西番莲是我国南方重要的果树，其果实具有芳香气味，富含糖类、维生素和矿质元素等物质，营养价值高、经济效益好。西番莲果汁中含有菠萝、香蕉、草莓、苹果、酸梅、芒果等165种水果香味，是举世闻名的香料水果，果实中含有超过132种以上的芳香物质，有“果汁之王”的美誉。它的天然原汁以其自身鲜艳的色泽，独特浓郁的芳香风味，丰富的营养以及对人体的保健作用，被称为天然营养浓缩物和热带果后。西番莲果实不仅营养价值高，生津止渴，还有防病健身的功效。据测定，西番莲汁含有60多种挥发性化合物，可溶性固物含量高达10--14％，有机酸含量为1.5--3％。氨基酸含量也相当丰富，还含有多种维生素和矿物质元素。西番莲种子含油量高达25％，可榨成食用油，油质与葵花油媲美。用它作原料，可加工成果汁、果露、果酱、果冻等产品，具有美容养颜、清暑开胃、消除疲劳、提神醒酒、消炎祛斑、降脂降压、防止动脉硬化等功效。

西番莲中的应用逐渐受到重视，其分子生物学的研究也不断深入和发展，基因表达分析也逐渐应用于揭示西番莲基因表达和调控的机理。近年来，学者们已经逐步加快西番莲基因组学、分子生物学、遗传学等方面的研究。

基因行使功能就是从DNA到mRNA再到蛋白的一个过程，基因表达水平一般是通过该基因转录的mRNA的多少来衡量的。因此，准确评估目标基因的表达量对研究其生物学功能意义重大。内参基因即内源性参照基因，其在生物的不同的细胞中表达相对稳定。在基因研究过程中，RT-PCR、qRT-PCR等技术中都需要利用内参基因校正cDNA用量。常见的内参基因有β-actin、EF-1α、18S rRNA等。目前为止，尚未见西番莲内参基因相关研究的报道。这严重制约了西番莲重要性状基因定位、克隆等研究进程。因此，在西番莲中挖掘高度可信的内参基因十分必要。

发明内容

本发明的发明目的是，针对上述问题，提供一种西番莲内参基因，为后续西番莲基因表达相关的科学研究提供了参考。

为达到上述目的，本发明所采用的技术方案是：

西番莲内参基因，所述内参基因为C21209，所述内参基因C21209的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

所述内参基因C21209的PCR扩增引物核苷酸序列是：正向序列如SEQ ID NO.2所示；反向序列如SEQ ID NO.3。正向序列：AGCTCTTCTACATCTGCGCT，反向序列：TTCTTGTGCATCTTCCCCCG。

还提供了一种西番莲内参基因的筛选方法，包括以下步骤：

S1、从数据库选择4个样品数据，序列登录号分别为：SRX4224487、SRX4224486、SRX4224485和SRX4224484，然后分别进行序列的组装，预测序列的表达量分析，基因序列的功能注释；最后计算所有西番莲基因在4个样品中表达量值的稳定性，使用变异系数CV进行评估，选择CV值小于0.2，且cDNA≥1000bp的基因作为候选内存基因。

S2、从候选内存基因中，根据西番莲基因的表达量值，选择了5个FPKM≈850的基因，分别为C22526、C22199、C12410、C20732和C21209。

S3、对步骤S2筛选的5个基因进行引物设计，并利用电泳评估引物的特异性。