[发明专利]与猪产仔数性状相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与猪产仔数性状相关的SNP分子标记及其应用，通过使用猪的重测序数据，进行参考基因组的比对、SNP分型、选择信号检测、SNP功能注释与预测和多物种序列比对筛选出与胚胎发育功能存在关联的致因突变，经相关分析，证实这个位点的不同基因型与猪产仔数存在显著的关联，可以作为检测猪产仔数性状的分子标记，具有简单、快捷、灵敏度高和特异性好等优点。

技术领域

本发明属于猪分子标记技术领域，具体涉及RNF111基因中与猪产仔数性状相关的SNP分子标记，该分子标记可用于猪产仔数相关的遗传改良工作。

背景技术

长期以来，为了使畜禽经济性状得到遗传改良，能够更加符合人类的需求，从而获得最大的经济效益，人们一直对畜禽的经济性状进行了高强度的人工选择。强烈的人工选择，改变了不同性状优势等位基因在群体中的基因频率分布，并在基因组范围内留下了相关的选择信号，通过对选择信号的鉴定可以达到解析畜禽重要经济性状的目的。近年来，研究者们也陆续提出了一些检测选择信号的方法：F_ST(WeirCockerham,1984)和iHS(Voight,Kudaravalli,Wen,Pritchard,2006)。1984年，Weir等人提出F_ST无偏估计的方法，并在选择信号的检测中得到了广泛的应用。F_ST方法通过对全基因组范围内SNP位点的扫描，来计算群体间的F_ST值，进而评估群体间的分化程度。iHS方法则是通过分析单个群体中单倍型的纯合度情况，鉴定群体内由于选择作用造成的长范围的纯合单倍型的现象。

猪是家畜生产中重要的经济动物，在畜禽生产中占据着重要的地位。而妊娠母猪的胚胎发育情况对胚胎的存活率至关重要，并直接影响到猪的产仔数相关性状，对养猪业的经济效益有着重大影响。妊娠母猪胚胎发育是否正常受到多种因素的影响，例如猪场的环境、营养水平和遗传因素。在多年的猪的育种工作中，研究者们也发现了RNF111基因在其胚胎发育中发挥着重要的作用。2001年，Episkopou等(Episkopou et al.,2001)人的研究表明RNF111是脊椎动物组织者诱导中心的中胚层诱导途径的组成部分。后续研究发现RNF111可以通过增强TGF-β超家族信号转导作用从而在哺乳动物早期胚胎发育过程中发挥作用(Koinuma et al.,2003)。

本发明基于Fst和iHS两种选择信号检测方法，以丹系大白猪、杜洛克和欧洲野猪的重测序数据为基础，通过一系列生物信息学统计学分析，筛选出了RNF111基因中一个受到强烈人工选择作用且与猪产仔数相关的候选致因突变，并通过相关性分析证实这个位点的不同基因型与猪产仔数存在显著的关系，为猪的选种选育工作提供了新的遗传资源。

发明内容

本发明提供了一个与猪产仔数性状相关的SNP分子标记，该标记位于RNF111基因中，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的第51位的碱基处存在一个受到强烈人工选择的G/A等位基因突变，导致所示序列的核苷酸产生多态性，会影响猪的早期胚胎发育，进而影响猪的产仔数性状。

为了实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

与猪产仔数性状相关的SNP分子标记的开发方法，包括以下步骤：

(1)采集28头丹系大白猪和4头杜洛克耳样并提取DNA，随后对这些DNA构建配对末端测序文库，并在华大公司使用Illumina HiSeq X-ten平台进行全基因组重测序，并将重测序数据比对到猪参考基因组(基因组版本11.1，Sscrofa11.1)上，获得丹系大白猪的SNP分型数据；

(2)整合NCBI数据库(SRA,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/)和欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI,https://www.ebi.ac.uk/)中公开的23头杜洛克和23头欧洲野猪重测序数据；并将重测序数据比对到猪参考基因组(基因组版本11.1，Sscrofa11.1)上，获得杜洛克与欧洲野猪的SNP分型数据；