[发明专利]一种基于二代测序的PEDV病毒基因组分析方法有效
| 申请号： | 201911381880.0 | 申请日： | 2019-12-27 |
| 公开（公告）号： | CN111199772B | 公开（公告）日： | 2023-05-23 |
| 发明（设计）人： | 崔天一;孙子奎 | 申请（专利权）人： | 上海派森诺生物科技股份有限公司 |
| 主分类号： | G16B20/00 | 分类号： | G16B20/00;G16B30/00 |
| 代理公司： | 上海天翔知识产权代理有限公司 31224 | 代理人： | 吕伴 |
| 地址： | 200030 上海市*** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 基于 二代 pedv 病毒 基因组 分析 方法 | ||
【权利要求书】：
1.一种基于二代测序的PEDV病毒基因组分析方法，其特征在于，包括如下步骤：
1)下载宿主猪的基因组序列和转录本序列，作为宿主参考序列；
2)运行Bowtie2软件，将测序数据与所述步骤1中的宿主参考序列进行比对，剔除比对到宿主序列的测序数据，获得去宿主污染的测序序列；
3)根据PEDV基因组大小150X的数据量从所述步骤2当中获得的去宿主污染的测序序列中截取用于拼接的序列；
4)运行SPAdes软件，参数设置为k-mer分别设置为55,77,121，cov-cutoff值设置为auto，以所述步骤3当中获得的序列作为输入，拼接基因组；
5)利用NCBI网站自带的Edirect软件，批量下载NCBI数据库中的所有PEDV病毒的基因序列；
6)运行makeblastdb软件，将步骤所述步骤5当中下载的基因序列作为输入构建数据库；
7)运行blast软件，将所述步骤4当中拼好的基因组，与所述步骤6当中构建的数据库进行同源比对；
8)挑选比对结果时Total score值最大的结果作为最终结果；
9)根据所述步骤8当中挑选的比对结果，将比对的起始位点作为基因的起始位点。
2.如权利要求1所述的一种基于二代测序的PEDV病毒基因组分析方法，其特征在于，所述运行Bowtie2软件为运行默认参数。
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