[发明专利]一种检测茶卡羊PIGY基因CNV标记的方法及其应用

说明书

本发明公开了一种检测茶卡羊PIGY基因CNV标记的方法及其应用：基于实时荧光定量PCR技术，以茶卡羊基因组DNA为模板，利用一对特异引物扩增茶卡羊PIGY基因的拷贝数变异区域部分片段，利用另外一对特异引物扩增茶卡羊的ANKRD1基因部分片段作为参照，然后利用2*2^‑ΔCt的方法计算个体的拷贝数变异类型，根据对拷贝数变异与茶卡羊生长性状的关联分析结果，本发明提供的方法为利用茶卡羊PIGY基因CNV标记建立生长性状的优势种群奠定了基础，有利于加快分子标记辅助选择育种进程。

技术领域

本发明属于分子遗传育种领域，具体涉及一种检测茶卡羊PIGY基因拷贝数变异的方法，该方法利用实时定量PCR技术，以茶卡羊基因组DNA为模板，以单拷贝ANKRD1基因为参照，根据2*2^-ΔCt值确定个体的PIGY基因拷贝数变异类型。

背景技术

随着对基因组研究的深入，有证据证明拷贝数变异(copy number variations,CNVs)影响基因网络并调节相关基因的表达，促成个体表型的可变性，因此利用与体尺性状相关的CNVs的候选标记可以加速绵羊遗传育种进程。拷贝数变异一般是指在全基因组范围大于50bp的结构变异，是基因组内发生重排导致的。

目前，人和动物全基因组范围内的CNVs检测方法主要有三种，分别是微阵列比较基因组杂交芯片(array-based comparative genomic hybridization,aCGH)、二代测序技术(Next-Generation Sequencing,NGS)和SNP芯片技术。在比较基因组杂交芯片中寡核苷酸探针芯片被广泛使用，具有高灵敏度、高精度和样本量小的特点；而细菌人工染色体芯片制作成本高、分辨率低且耗时长，很少会使用。此外，现有的芯片平台对新的拷贝数变异的检测效率很低。随着二代测序技术的发展，当前最有效的检测手段是通过重测序来检测基因组结构变异，但这种方法相较其他方法成本较高。

目前，对基因组己知的CNV进行检测主要有两种方法，即基于PCR的检测技术和基于杂交的检测技术。PCR检测技术主要包括实时荧光定量PCR(Real-time qPCR)、依赖连接的多重扩增探针杂交技术(Multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)和短片段多重定量技术(Quantitative multiplex PCR of short fluorescentfragments,QMPSF)。目前使用最广泛的是qPCR技术，该方法敏感性高、操作方法简单、速度快、重复性好且污染少。杂交技术主要包括Southern blotting杂交、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)、多重扩增探针杂交技术(multiplexamplifiable probe hybridization,MAPH)等，但这些方法成本比较高，检测时间长而且不够准确，目前使用较少。

茶卡羊是产自青海省海西蒙古族藏族自治州乌兰县的一个经过长期的自然选择和人工选育而形成的优良绵羊品种。茶卡羊的进一步选育提高对于茶卡羊的产业化和经济效益具有重要作用。PIGY(phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis classY)基因是PIG基因家族的成员之一，位于绵羊6号染色体上，其表达产物与PIGA、PIGC、PIGH、PIGP、PIGQ和DPM2基因的表达蛋白共同组成了GPI-GnT复合物，该复合物启动了糖基磷脂酰肌醇(GPI)的生物合成。GPI在内质网上合成，用于许多表面蛋白的锚定。含有GPI锚的蛋白质在细胞与细胞的相互作用中起到重要作用。目前仅发现PIGY基因和多个与肌肉密度、胴体重等相关的数量性状位点存在重叠，对绵羊PIGY基因CNV的分析和应用还处于空白阶段。

发明内容

本发明的目的在于提供一种检测茶卡羊PIGY基因CNV标记的方法及其应用。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：