[发明专利]一种基于多重PCR的基因组DNA完整性检测的方法

权利要求书

1.一种评估核酸样本的基因组完整性的方法，其特征在于，包括：

(a)提供一待测的核酸样本；

(b)提供第一反应体系和第二反应体系，其中所述第一反应体系含有待测DNA的待测的核酸样本，并且所述第一反应体系中含有完整性评估检测的引物组，所述引物组包括N对引物，其中N为≥3的正整数，所述引物组扩增所得的扩增产物的长度呈梯度增加；

所述第二反应体系与所述第一反应体系的条件相同，其中，所述第二反应体系含有完整的标准基因组DNA的标准品但不含待测DNA的待测样本；

(c)对所述第一反应体系和所述第二反应体系分别进行多重PCR扩增，从而获得对应于待测DNA的第一扩增产物和对应于标准基因组DNA的第二扩增产物；

(d)分别检测步骤(c)获得的对应于待测DNA的第一扩增产物的峰高F1和对应于标准基因组DNA的第二扩增产物的峰高F2，并基于所述峰高F1和F2获得核酸样本的相对扩增度K_rel；

(e)基于所述核酸样本的相对扩增度K_rel，评估所述核酸样本的基因组完整性。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(c)中，所述第一扩增产物和第二扩增产物的各自扩增条带(也称为“子扩增产物”)的数量为M，较佳地M为3-8个，更佳地，4-6个。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一扩增产物的扩增条带的数量和第二扩增产物的扩增条带的数量是相同的，并且第一扩增产物的扩增条带和第二扩增产物的扩增条带是一一对应的。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一扩增产物和第二扩增产物中的各扩增条带长度各自独立地≥50bp，较佳地，50-500bp，更佳地，50-300bp。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(b)中，N为3-6，较佳地，3-5。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(d)中，“基于所述峰高F1和F2获得核酸样本的相对扩增度K_rel”包括进行归一化处理，获得各扩增条带的相对峰高，并基于相对峰高获得核酸样本的相对扩增度K_rel。

7.如权利要求6所述的方法，其特征在于，所述的归一化为对同一反应体系内各扩增条带的峰高进行归一化处理，从而获得归一化的峰高(即同一反应体系内的归一化处理)。

8.如权利要求6所述的方法，其特征在于，“基于相对峰高获得核酸样本的相对扩增度K_rel”包括用公式Q进行结算，从而获得核酸样本的相对扩增度K_rel：

K_rel＝{W2(F2/F1*Z1/Z2)+W3(F3/F1*Z1/Z3)+…+Wj(Fj/F1*Z1/Zj)}^1/2(Q)；

式中，

F1为长度最短的待测DNA的第一扩增条带的峰高，

Z1为与长度最短的标准基因组DNA的第一扩增条带的峰高；

F2为待测DNA的第二扩增条带的峰高，

Z2为标准基因组DNA的第二扩增条带的峰高；

F3为待测DNA的第三扩增条带的峰高，

Z3为标准基因组DNA的第三扩增条带的峰高；

Fj为待测DNA的第j扩增条带的峰高，

Zj为标准基因组DNA的第j扩增条带的峰高；

W2为第二扩增条带的权重值；

W3为第三扩增条带的权重值，

Wj为第j扩增条带的权重值；

其中，j为≥3的正整数。

9.一种试剂盒，其特征在于，包括：

(a)完整性评估检测的引物组，所述引物组包括N对引物，其中N为≥3的正整数，所述引物组扩增所得的扩增产物的长度呈梯度增加；和

(b)任选的完整的标准基因组DNA的标准品。

10.一种评估核酸样本的基因组完整性的设备，其特征在于，包括：

(a)反应单元，所述反应单元用于进行多重PCR扩增反应，其中所述反应单元包括第一反应体系和第二反应体系，所述第一反应体系含有待测DNA的待测的核酸样本，并且所述第一反应体系中含有完整性评估检测的引物组，所述引物组包括N对引物，其中N为≥3的正整数，所述引物组扩增所得的扩增产物的长度呈梯度增加；

所述第二反应体系与所述第一反应体系的条件相同，其中，所述第二反应体系含有完整的标准基因组DNA的标准品但不含待测DNA的待测样本；

(b)长度区分检测单元，所述长度区分检测单元用于对反应单元所获得的对应于待测DNA的第一扩增产物和对应于标准基因组DNA的第二扩增产物分别进行电泳检测，从而获得所述第一扩增产物的峰高F1和所述第二扩增产物的峰高F2；

(c)计算单元；所述计算单元用于基于所述第一扩增产物的峰高F1和所述第二扩增产物的峰高F2，从而计算获得核酸样本的相对扩增度K_rel，并基于核酸样本的相对扩增度K_rel，从而评估所述核酸样本的基因组完整性；

(d)输出单元，所述输出单元用于输出所述计算单元的评估结果。