[发明专利]荧光图像配准方法、基因测序仪及系统、存储介质有效
申请号: | 201980002455.8 | 申请日: | 2019-01-31 |
公开(公告)号: | CN112204615B | 公开(公告)日: | 2023-05-02 |
发明(设计)人: | 申晋晋;李大卫;刘扬宝;冯歌;李美;黎宇翔 | 申请(专利权)人: | 深圳华大生命科学研究院 |
主分类号: | G06T7/30 | 分类号: | G06T7/30;G06T7/38 |
代理公司: | 深圳市赛恩倍吉知识产权代理有限公司 44334 | 代理人: | 刘丽华 |
地址: | 518083 广东*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 荧光 图像 方法 基因 测序仪 系统 存储 介质 | ||
1.一种荧光图像配准方法,应用于生物芯片,其特征在于,所述荧光图像配准方法包括:
S1:获取生物芯片的至少一荧光图像;
S2:选取所述荧光图像的预设局部区域,其中,所述预设局部区域在第一方向与第二方向上至少存在一条边界线框,所述边界线框中包含若干荧光分子像点,所述第一方向垂直于所述第二方向;
S3:在所述预设局部区域中,获取所述第一方向与所述第二方向上像素和最小值所在的位置,并根据所述像素和最小值所在的位置得到像素级配准点;
S4:根据预设分类规则将所述像素级配准点分为好点与坏点;
S5:根据所述好点的数量判断所述荧光图像是否符合预设标准,若判定所述荧光图像符合预设标准,则进入步骤S6,若判定所述荧光图像不符合预设标准,则返回步骤S1,重新获取荧光图像;
S6:根据所述好点的位置校正所述坏点的位置;
S7:在所述像素级配准点所在的所述第一方向与所述第二方向的边界线框交叉线上检测荧光分子像点,并根据重心法获取所述荧光分子像点的重心位置;
S8:根据所述荧光分子像点的重心位置分别在所述第一方向与所述第二方向上拟合直线,所述第一方向上拟合出的直线与所述第二方向上拟合出的直线的交点即为配准点的亚像素级位置;
S9:根据所述第一方向与所述第二方向上拟合出的直线获取所述荧光图像的边界点,并计算所述边界点的位置。
2.根据权利要求1所述的荧光图像配准方法,其特征在于,在获取所述第一方向与所述第二方向上像素和最小值所在的位置之前,所述方法还包括:
在所述预设局部区域内,获取在所述第一方向与所述第二方向上模板边界线框所在的位置,所述模板边界线框为预先设置在所述生物芯片上的模板线框;
根据所述模板边界线框的位置选取预设矩形区域;
在所述预设矩形区域内,获取所述第一方向与所述第二方向上像素和最小值所在的位置。
3.根据权利要求2所述的荧光图像配准方法,其特征在于,所述获取所述第一方向与所述第二方向上像素和最小值所在的位置包括:
选取若干条模板线;
分别在所述第一方向与所述第二方向上依次将所述若干条模板线在所述预设矩形区域进行平移操作;
计算在所述预设矩形区域上若干模板线所在位置覆盖到的像素的亮度值的叠加和,所述亮度值的叠加和即为所述模板线所在位置覆盖到的像素和。
4.根据权利要求1所述的荧光图像配准方法,其特征在于,所述根据预设分类规则将所述像素级配准点分为好点与坏点包括:
在所述预设局部区域的第一方向上,获取任意一列上的所述像素级配准点;
计算所述任意一列上的所述像素级配准点中的其中一个像素级配准点与该列上其他像素级配准点的横坐标差值的绝对值;
若存在小于预设横坐标阈值的所述绝对值,且小于所述预设横坐标阈值的所述绝对值至少包括两个,则判定所述其中一个像素级配准点为好点;若小于所述预设横坐标阈值的所述绝对值少于两个,则判定所述其中一个像素级配准点为坏点。
5.根据权利要求4所述的荧光图像配准方法,其特征在于,所述根据预设分类规则将所述像素级配准点分为好点与坏点还包括:
在所述预设局部区域的第二方向上,获取任意一行上的所述像素级配准点;
选取其中一个所述像素级配准点,计算该像素级配准点与该行上其他所述像素级配准点的斜率;
将所述与该行上其他所述像素级配准点的斜率按照预设排序规则进行排序,获取第一中位值作为选取的所述像素级配准点的第一斜率;
获取该行上其他所述像素级配准点的第一斜率,并将该行上所有所述像素级配准点的斜率按照所述预设排序规则进行排序,获取第二中位值作为该行的第二斜率,所述第二斜率对应该行上的点为参考点;
获取所述预设局部区域上其他行的第二斜率,并将所有行的斜率按照所述预设排序规则进行排序,获取第三中位值作为所有行的公共斜率;
根据所述公共斜率与所述参考点对所有行进行直线拟合,并根据拟合的直线将所述像素级配准点分为好点与坏点。
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