[发明专利]从RNA和DNA制备核酸文库

说明书

本文提供的方法和组合物的一些实施方式涉及衍生自RNA和DNA的核酸文库的制备和用途。在一些实施方式中，核酸文库可以通过标签化衍生自RNA的多核苷酸来制备。一些实施方式包括对来自这样的文库的序列数据的分析。

相关申请的交叉引用

本申请要求2018年3月22日提交的题为“PREPARATION OF NUCLEIC ACIDLIBRARIES FROM RNA AND DNA”的美国临时申请号62/646487的优先权，其全部内容通过引用并入本文。

技术领域

本文提供的方法和组合物的一些实施方式涉及衍生自RNA和DNA的核酸文库的制备和用途。在一些实施方式中，可以通过标签化衍生自RNA的多核苷酸来制备核酸文库。

发明背景

组织样品的全基因组测序、基因分型、靶向再测序和基因表达分析可以具有极大的重要性，用于识别疾病生物标志物，准确诊断和预测疾病，和选择对于患者适当的治疗。例如，从患者切除的肿瘤组织的核酸序列分析可用于确定特定基因生物标志物的存在或不存在，例如体细胞变异、结构重排、点突变、缺失、插入，和/或特定基因的存在或不存在。无细胞(cell free)样品可用于制备核酸文库用于序列分析。然而，在这样的文库中包含疾病生物标志物的核酸可以是稀有且难以检测的。因此，在疾病生物标志物的检测中的增加的灵敏度是期望的。

发明内容

一些实施方式包括一种用于制备核酸文库的方法，其包括：(a)使多个多核苷酸与包含标签的多个引物杂交，其中所述多个多核苷酸包含RNA和DNA；(b)用逆转录酶延伸所杂交的引物；和(c)从所延伸的引物和所述DNA产生核酸文库。一些实施方式还包括(d)测序所述核酸文库。一些实施方式还包括(e)识别包含所述标签的多核苷酸序列，从而识别衍生自所述多个多核苷酸的RNA多核苷酸的序列。一些实施方式还包括识别缺少所述标签的多核苷酸序列，从而识别衍生自所述多个多核苷酸的DNA多核苷酸的序列。

在一些实施方式中，多个引物包含不同的序列。在一些实施方式中，每个引物包含不同的序列。在一些实施方式中，多个引物包含大于10,000种不同的序列。在一些实施方式中，多个引物包含大于100,000种不同的序列。在一些实施方式中，多个引物包含随机六聚体序列。在一些实施方式中，多个引物包含相同的标签。

在一些实施方式中，逆转录酶缺乏DNA依赖性聚合酶活性。在一些实施方式中，逆转录酶选自：禽成髓细胞瘤病毒(AMV)(avian myeloblastosis virus)逆转录酶、莫洛尼鼠白血病病毒(MMLV)(moloney murine leukemia virus)逆转录酶、人免疫病毒(HIV)(humanimmunovirus)逆转录酶、马传染性贫血病毒(EIAV)(equine infectious anemia virus)逆转录酶、劳斯相关病毒-2(RAV2)(Rous-associated virus-2)逆转录酶、C.hydrogenoformans DNA聚合酶、T.thermus DNA聚合酶、T.flavus DNA聚合酶，及其功能性变体。

在一些实施方式中，(b)是在DNA多核苷酸的存在下进行。在一些实施方式中，(b)包括从延伸的引物产生双链cDNA。在一些实施方式中，(c)包括使延伸的引物和DNA多核苷酸与选自激酶、连接酶、转座子、聚合酶和测序接头的试剂接触。

在一些实施方式中，多个多核苷酸是无细胞的。在一些实施方式中，多个多核苷酸获自选自血清、间质液、淋巴液、脑脊液、痰、尿液、乳液、汗液和眼泪的样品。

一些实施方式包括用于制备核酸文库的方法，其包括：(a)使多个多核苷酸与多个引物杂交，其中所述多个多核苷酸包含RNA和DNA；(b)用逆转录酶延伸所杂交的引物；和(c)从所延伸的引物和所述DNA产生核酸文库。