[发明专利]通过评价肿瘤遗传异质性来预测对治疗的应答的方法

权利要求书

1.一种用于确定癌症患者是否已积极响应治疗方案的方法，所述方法包括以下步骤：

（a）提供在治疗方案期间的第一时间点从所述患者收集的血浆样品；

（b）提供在治疗方案期间的第二时间点从所述患者收集的血浆样品；

（c）在所述样品中确定表1或表2中列出的每种生物标记物的至少一部分的序列；

（d）在所述样品中确定生物标记物中检测到的突变数目与样品体积的比率（MMPM）；

（e）如果第二样品中的MMPM低于第一样品中的MMPM，则确定所述患者已响应治疗方案；或

（f）如果第二样品中的MMPM不低于第一样品中的MMPM，则确定所述患者未响应治疗方案。

2.权利要求1的方法，其中所述癌症选自非小细胞肺癌（NSCLC）、小细胞肺癌（SCLC）和结肠直肠癌（CRC）。

3.权利要求1的方法，其中所述患者对治疗的响应选自增加的无进展存活（PFS）和增加的总体存活（OS）。

4.权利要求1的方法，其中所述治疗方案选自用FOLFOXIRI-贝伐珠单抗的治疗、用FOLFOX-贝伐珠单抗、卡培他滨-贝伐珠单抗的治疗和化学放射疗法。

5.权利要求1的方法，其进一步包括收集在治疗方案期间的另外时间点取样的另外血浆，并且确定MMPM与先前的时间点相比在其中是否已减少，或者大于随后时间点中的MMPM。

6.一种治疗非小细胞肺癌（NSCLC）、小细胞肺癌（SCLC）和结肠直肠癌（CRC）的方法，其包括以下步骤：

（a）提供在治疗方案期间的第一时间点从所述患者收集的血浆样品；

（b）提供在治疗方案期间的第二时间点从所述患者收集的血浆样品；

（c）在所述样品中确定表1或表2中列出的每种生物标记物的至少一部分的序列；

（d）在所述样品中确定生物标记物中检测到的突变数目与样品体积的比率（MMPM）；

（e）如果第二样品中的MMPM低于第一样品中的MMPM，则继续治疗方案；或

（f）如果第二样品中的MMPM不低于第一样品中的MMPM，则更改治疗方案。

7.权利要求6的方法，其中与未更改的治疗方案相比，更改治疗方案包括增加治疗的剂量、添加一种或多种治疗剂、以及延长的治疗持续时间中的一种或多种。

8.一种计算机系统，其设计为实施关于癌症患者是否已积极响应治疗方案的算法，其中所述算法分析关于得自至少两个患者的血液样品的一种或多种生物标记物的测序数据，所述血液样品在治疗方案期间的分开时间点收集，所述算法含有选自以下的一个或多个步骤：突变检测，错误校正，计算突变数目/样品，并且确定样品中的突变数目与样品体积的比率（MMPM），确定MMPM在随后的时间点是否已减少，并且如果MMPM在随后的时间点之间已减少，则报告所述患者已响应治疗，并且如果MMPM在随后的时间点之间未减少，则报告所述患者未响应治疗。

9.一种计算机系统，其设计为实施用于选择用于癌症患者的治疗的算法，其中所述算法分析关于得自至少两个患者的血液样品的一种或多种生物标记物的测序数据，所述血液样品在治疗方案期间的分开时间点收集，所述算法含有选自以下的一个或多个步骤：突变检测，错误校正，计算突变数目/样品，并且确定样品中的突变数目与样品体积的比率（MMPM），确定MMPM在随后的时间点是否已减少，并且如果MMPM在随后的时间点之间已减少，则报告建议选择相同治疗，并且如果MMPM在随后的时间点之间未减少，则报告建议选择替代治疗。