[发明专利]使用光谱技术识别微生物的方法

权利要求书

1.使用衰减全反射红外光谱(ATR-FTIR)识别生物样品中微生物的方法，包括：

-步骤(A1、A2、A3)：制定关于已知微生物的物种、亚种和子类的已知样品的对照光谱数据库；

-一个或多个步骤(A4)：从所述数据库开始，基于对已知微生物的每个物种、亚种或子类最有意义的识别光谱特征，创建预计算模型；

-步骤(B)：对未知样品进行取样，所述未知样品是从在固体或液体培养基上生长获得的，可能含有生物液体；

-一个或多个步骤(C)：采集所述未知样品的光谱；

-一个或多个步骤(D)：处理所述未知样品的光谱；

-一个或多个步骤(E)：通过将所述未知样品的光谱与所述预计算模型进行比较来分析所述未知样品的光谱，每个步骤(E)提供所述未知样品属于已知微生物的一个或多个所述物种、亚种或子类的至少一些归属分数以及所述归属分数的可靠性参数；

-一个或多个控制步骤(F)：其中，从所述归属分数和所述可靠性参数开始，请求新的采集所述未知样品的光谱的步骤(C)，或者提供所述方法的最终结果，所述最终结果包括失败的识别(J)，或者成功的识别(G、H、I)。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，制定关于已知微生物的已知样品物种、亚种或子类的对照光谱数据库的步骤(A1、A2、A3)为每个已知样品提供：

-步骤(A1)：在存在或不存在生物流体的情况下，对通过在固体或液体培养基上生长获得的已知样品进行取样；

-一个或多个步骤(A2)：采集所述已知样品的光谱；

-一个或多个步骤(A3)：处理所述已知样品的光谱。

3.如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述对照光谱包括与微生物的不同物种、亚种或子类的样品相关的光谱，和/或与微生物的相同物种、亚种或子类的不同菌株的样品相关的光谱，和/或与生长在可变培养基上、有或没有生物液体的样品相关的光谱。

4.如前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述未知样品在固体培养基上生长。

5.如前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，至少一种所述已知样品在固体培养基上生长。

6.如前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述未知样品在至少一种生长液体肉汤中生长，随后经离心或过滤或富集以获得沉淀或浓缩样品，并且通过从所述沉淀或浓缩样品中移取测定物来获得光谱。

7.如前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，至少一种所述已知样品在至少一种生长液体肉汤中生长，随后经离心或过滤或富集以获得沉淀或浓缩样品，并且通过从所述沉淀或浓缩样品中移取测定物来获得光谱。

8.如前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述处理步骤(D、A3)使用算法，所述算法自动识别预先定义的光谱范围内的样品的最有意义的识别光谱特征。

9.如前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述分析步骤(E)使用统计方法，例如多变量分析。

10.如前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述分析步骤(E)使用基于主成分分析(PCA)的方法。

11.如前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述分析步骤(E)使用基于神经网络的方法。

12.如前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述分析步骤(E)使用基于光谱聚类分析的方法。

13.如前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述预计算模型包括每个未知和已知样品的所述识别光谱特征的列表。