[发明专利]用于提高MSMS置信度的DM-SWATH获取

说明书

在DM‑SWATH中，多个CoV和前驱物离子质量范围被接收。处理器针对多个CoV中的每个CoV执行重复的一系列步骤。针对多个CoV中的每个CoV，CoV被施加到DMS设备以选择前驱物离子的组。质量过滤器被指示以选择组中的在前驱物离子质量范围内的前驱物离子，从而产生前驱物离子的子组。分裂设备被指示以对前驱物离子的子组进行分裂，从而产生产物离子的组。质量分析仪被指示以测量产物离子的组的强度和m/z，从而产生针对多个CoV中的每个CoV的产物离子谱。DM‑SWATH还被用于验证已知化合物是否在样品中。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2018年1月17日提交的美国临时专利申请序列号62/618,283的权益，该美国临时专利申请的内容通过引用整体并入本文。

技术领域

介绍

本文的教导涉及操作差分迁移率谱法(differential mobility spectrometry，DMS)设备和串联质谱仪，以便辨别质量相似并且保留时间行为差异微小的化合物或肽。更具体地，本文的教导涉及用于随着前驱物离子的差分迁移率被顺序地增加而顺序地获取宽质量范围的前驱物离子的产物离子的系统和方法。通过顺序地步进DMS设备的补偿电压(CoV)，逐步地增加前驱物离子的差分迁移率。在每个步骤中，相同的单个宽的前驱物离子质量范围被选择，并且由串联质谱仪进行分裂，从而产生产物离子谱。

在常规的顺序窗口获取串联质谱法(sequential windowed acquisition tandemmass spectrometry，SWATH-MS)中，每个产物离子谱都是随着前驱物离子质量选择窗口跨前驱物离子质量范围的顺序增加而被顺序获取的。因为在本文描述的系统和方法中每个产物离子谱都是随着差分迁移率的顺序增加而被顺序获取的，所以这种新型的获取可以被称为DM-SWATH获取。

本文公开的系统和方法还可以使用诸如但不限于液相色谱法(LC)设备之类的附加的并且在前的样品分离设备来执行。本文公开的系统和方法还结合处理器、控制器、微控制器或诸如图1的计算机系统之类的计算机系统来执行。

背景技术

生物表征

在常规的生物表征中，用户的目的是在通过串联质谱法或者质谱法/质谱法MS/MS验证所识别的肽的情况下，仅经由质谱法(MS)(例如，飞行时间质谱法(TOF-MS))获得尽可能多的序列覆盖，(链接到产物离子的序列)。对于MS/MS验证，用户通常依赖于信息依赖分析(IDA)MS/MS数据收集(即，在前驱物选择为1amu的情况下用于MS/MS的自动前驱物选择)或顺序窗口(SWATH)分析。MS/MS模式中的经验证的肽的百分比在这两种方法之间不同，其中IDA最低(通常，50％-65％)而SWATH最高(通常，75％-85％)。由SWATH供应的增益依赖于可以被链接到MS/MS序列信息的前驱物离子的非随机采样。

常规的SWATH可以通过将前驱物离子过滤(例如，在第一四极(Q1)中)分入宽窗口中来分离产物离子，从而确保与给定的肽相关联的单独电荷状态被单独地分裂，并且(例如，液相色谱法(LC)分离的)保留时间在提供附加分离方面起到关键作用。因此，可能无法辨别质量相似并且保留行为(共洗脱)差异微小的肽。作为结果，需要附加的系统和方法来辨别质量相似并且保留时间行为差异微小的肽。

关于质谱法技术的背景

质谱仪常常与色谱法或其它分离系统结合使用，以便识别和表征来自样品的洗脱的所关注的已知化合物。在这种耦合系统中，洗脱溶剂被离子化，并且以被称为保留时间的指定时间间隔从洗脱溶剂获得一系列质谱。这些保留时间的范围为从例如1秒至100分钟或更长。一系列质谱形成色谱或提取离子色谱(XIC)。