[发明专利]肝细胞癌筛查

权利要求书

1.一种检测受试者基因组中乙型肝炎病毒(HBV)病毒性DNA的整合位点的方法，所述方法包括：

从所述受试者收集核酸样品；

通过将所述核酸样品与HBV病毒性DNA探针杂交来富集所述样品中包含HBV病毒性DNA序列的核酸；

对富集的核酸进行测序，从而获得多个测序读长；

将所述测序读长比对到人类基因组和HBV基因组；和

检测受试者基因组中HBV病毒性DNA的整合位点。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸样品来源于所述受试者的全血或血浆。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸样品来源于包含一个或多个肿瘤细胞的组织样品。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸样品包括游离DNA(cfDNA)。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸样品包括循环肿瘤DNA(ctDNA)。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述HBV病毒性DNA探针通过扩增或合成HBV基因组DNA来制备。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法还包括：

如果在所述受试者基因组中检测到HBV病毒性DNA的一个或多个整合位点，则确定所述受试者患有肝细胞癌(HCC)。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述一个或多个整合位点位于选自由以下组成的组的一个或多个原癌基因中：TERT、ABL1(ABL)、ABL2(ABLL,ARG)、AKAP13(HT31,LBC.BRX)、ARAF1、ARHGEF5(TIM)、ATF1、AXL、BCL2、BRAF(BRAF1,RAFB1)、BRCA1、BRCA2(FANCD1)、BRIP1、CBL(CBL2)、CSF1R(CSF-1,FMS,MCSF)、DAPK1(DAPK)、DEK(D6S231E)、DUSP6(MKP3,PYST1)、EGF、EGFR(ERBB,ERBB1)、ERBB3(HER3)、ERG、ETS1、ETS2、EWSR1(EWS,ES,PNE)、FES(FPS)、FGF4(HSTF1,KFGF)、FGFR1、FGFR10P(FOP)、FLCN、FOS(c-fos)、FRAP1、FUS(TLS)、HRAS、GLI1、GLI2、GPC3、HER2(ERBB2,TKR1,NEU)、HGF(SF)、IRF4(LSIRF,MUM1)、JUNB、KIT(SCFR)、KRAS2(RASK2)、LCK、LCO、MAP3K8(TPL2,COT,EST)、MCF2(DBL)、MDM2、MET(HGFR,RCCP2)、MLH型基因、MMD、MOS(MSV)、MRAS(RRAS3)、MSH型基因、MYB(AMV)、MYC、MYCL1(LMYC)、MYCN、NCOA4(ELE1,ARA70,PTC3)、NF1型基因、NMYC、NRAS、NTRK1(TRK,TRKA)、NUP214(CAN,D9S46E)、OVC、TP53(P53)、PALB2、PAX3(HUP2)STAT1、PDGFB(SIS)、PIM基因、PML(MYL)、PMS(PMSL)基因、PPM1D(WIP1)、PTEN(MMAC1)、PVT1、RAF1(CRAF)、RB1(RB)、RET、RRAS2(TC21)、ROS1(ROS,MCF3)、SMAD型基因、SMARCB1(SNF5,INI1)、SMURF1、SRC(AVS)、STAT1、STAT3、STAT5、TDGF1(CRGF)、TGFBR2、THRA(ERBA,EAR7等)、TFG(TRKT3)、TIF1(TRIM24,TIF1A)、TNC(TN,HXB)、TRK、TUSC3、USP6(TRE2)、WNT1(INT1)、WT1和VHL。