[发明专利]检测癌症中微卫星不稳定性的生物标志物组和方法

权利要求书

1.用于确定同聚物重复中的核苷酸数量的试剂在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于通过分析生物学样品中的MSI基因座来分析结肠直肠癌、子宫内膜癌或胃癌的MSI状态的方法，所述方法包括以下步骤：

-确定映射至GRCh38/hg38人参考基因组的以下同聚物重复中的核苷酸数量：

由11个连续腺嘌呤组成的同聚物重复，其定位在人DIDO1基因并起始于位置chr20:62,905,340；

由11个连续腺嘌呤组成的同聚物重复，其定位在人MRE11基因并起始于位置chr11:94,479,765；

由10个连续腺嘌呤组成的同聚物重复，其定位在人SULF2基因并起始于位置chr20:47,657,577；和

由8个连续腺嘌呤组成的同聚物重复，其定位在人ACVR2A基因并起始于位置chr2:147,926,117。

2.根据权利要求1所述的用途，其中所述方法还包括确定映射至GRCh38/hg38的以下同聚物重复区域的任何一个、两个或所有中的核苷酸数量：

由9个连续胸腺嘧啶组成的同聚物重复，其定位在人SEC31A基因并起始于位置chr4:82,864,412；

由10个连续腺嘌呤组成的同聚物重复，其定位在人BTBD7基因并起始于位置chr14:93,241,685；

由10个连续腺嘌呤组成的同聚物重复，其定位在人RYR3基因并起始于位置chr15:33,865,341。

3.根据权利要求1-2中任一项所述的用途，其中所述方法还包括以下步骤：

-扩增包含权利要求1-2中所列的同聚物重复或其突变形式的核酸区域。

4.根据权利要求3所述的用途，其中扩增的步骤导致生成熔解曲线数据。

5.根据权利要求4所述的用途，其中所述方法还包括以下步骤：

(a)在熔解曲线数据上应用小波变换；和

(b)使用从(a)获得的结果确定权利要求1-2中所列的任何同聚物重复中的核苷酸数量。

6.根据权利要求3所述的用途，其中扩增的步骤包括使用至少一个分子信标探针。

7.根据权利要求3所述的用途，其中扩增的步骤包括使用具有通过以下SEQ ID NO.1-14中的任何确认的序列的至少一种引物。

8.根据权利要求3所述的用途，其中扩增的步骤包括一对同聚物重复或其突变形式的至少一个双重扩增，所述对选自以下组合：

-双重扩增：

由11个连续腺嘌呤组成的同聚物重复，其定位在人DIDO1基因并起始于位置chr20:62,905,340；

和

由11个连续腺嘌呤组成的同聚物重复，其定位在人MRE11基因并起始于位置chr11:94,479,765；

-双重扩增：

由8个连续腺嘌呤组成的同聚物重复，其定位在人ACVR2A基因并起始于位置chr2:147,926,117；

和

由9个连续胸腺嘧啶组成的同聚物重复，其定位在人SEC31A基因并起始于位置chr4:82,864,412；以及

-双重扩增：

由10个连续腺嘌呤组成的同聚物重复，其定位在人BTBD7基因并起始于位置chr14:93,241,685；

和

由10个连续腺嘌呤组成的同聚物重复，其定位在人SULF2基因并起始于位置chr20:47,657,577。

9.根据权利要求1-2中任一项所述的用途，其中也在包含衍生自HTC116cl.110268743细胞系的材料的对照生物学样品中执行确定权利要求1-2中所列的任何同聚物重复中的核苷酸数量。